Etter hendelsen kalt "The Second Impact" blir Tokyo-3 angrepet av gigantiske skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten. Gutten Shinji har som mål å bekjempe englene ved å føre en av de mystiske Evangelion mecha-enhetene. En nyinnspilling av de seks første episodene av GAINAXs berømte anime-serie fra 1996. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 1.01" for DVD-utgivelsen og "Evangelion: 1.11" for en utgivelse med flere scener.

Filmen utspilles i en amerikansk småby der innbyggerne byttes ut én etter én til følelseskalde kopier fra det ytre verdensrom. På den nedslitte skolen, Herrington High, er lærerne bitre og utbrente og skolens eneste stolthet er fotballaget. Men så begynner det å skje saker. Lærerne blir plutselig engasjerte og skoletrøtte elever begynner å lese. Men så begynner det å skje saker. Lærerne blir plutselig engasjerte og skoletrøtte elever begynner å lese. Noen elever innser at det må være romvesener som har tatt over lærernes og kompisenes kropper og de beslutter å ta opp kampen mot inntrengerne.

Dominika Egorova er en tidligere ballerina som tvinges til å delta på Sparrow-skolen, et hemmelig regjeringsprogram som forvandler henne til en agent som kan manipulere, forføre og drepe.