Et hemmelig etterretningsprogram har gitt seks utvalgte agenter skjerpede fysiske og mentale evner. Aaron Cross er en av agentene, men nå trues han av sine egne. Det kontroversielle programmet er nemlig i fare for å bli avslørt, og nå går bakmennene i gang med å rydde opp. De går grundig til verks, og plutselig er Aaron jaget vilt.