On vuosi 1936. Seikkailuja pelkäämätön sanavalmis arkeologi Indiana Jones lähetetään etsimään liitonarkkia, jota myös vallanhimoiset natsit havittelevat. Arkki ei kuitenkaan saa päätyä saksalaisten käsiin, sillä se tekisi natsiarmeijasta voittamattoman.

Jämerä uraupseeri, eversti Jack O'Neil, johtaa erikoisyksikköä, joka löytää mystisen muinaisesineen Gizan pyramidien läheisyydestä Egyptistä. Daniel Jackson on nerokas egyptologi, jonka humaanit asenteet joutuvat törmäyskurssille ohjesääntöä raamattunaan pitävän everstin kanssa. Mutta juuri Jackson lopulta keksii mikä salaperäinen artefakti oikein on: ei sen enempää eikä vähempää, kuin portti toiseen ulottuvuuteen! O'Neil johtaa Jacksonilla vahvistetun tiedusteluryhmän portin läpi. He päätyvät aavikkoplaneetalle, jota asuttavat Maasta tuhansia vuosia sitten tulleet ihmiset. Tätä eksoottisen kiehtovaa ja usein vaarallista maailmaa hallitsee jumalana palvottu tyranni Ra, joka pian saa kuulla muinaisen portin olevan jälleen käytössä.

Ranskan Dordogne-laaksossa tiederyhmän uusi keksintö - aikakone - on vahingossa siirtänyt arkeologiprofessori Edward Johnstonin keskiajan Ranskaan keskelle Ranskan ja Englannin Sadan Vuoden Sodan taisteluita. Isänsä pelastamiseksi Chris ja apulaisprofessori Andre Marek kokoavat joukon ja lähtevät saman aikakoneen matkaan keskelle sodan melskettä. Heidän on löydettävä Johnston ja palattava takaisin kahdeksan tunnin sisällä.

Keskeltä englannin maaseutua löytyy muinainen kirkko, ja outo fresko. Fresko on silminnäkijän kuvaus ristiinnaulitsemisesta, mutta sen sijaan että se esittäisi Kristusta,se kuvaa synkännäköisiä hahmoja, jotka seuraavat ristiinnaulitsemista. Samat pahaenteiset hahmot ovat olleet läsnä lukuisten tuhoisien tapahtumien sattuessa, jo vuosisatojen ajan. Sitten Cassie (Christina Ricci), amerikkalainen patikkaretkeilijä saapuu kylään ja sotkeutuu paikallisiin tapahtumiin. Cassie alkaa nähdä näkyjä, ja uskoo että oudot henkilöt seuraavat häntä. Hän näkee enteitä karmeista tapahtumista, mutta mistä ne tulevat? Onko muinaisella kirkolla yhteyttä näkyihin?

Arkeologinen tutkimusryhmä löytää valtavan pyramidin, joka on hautautunut autiomaahan Egyptissä. Pyramidilla on vain kolme sivua, toisin kuin Gizan pyramideilla, joilla on neljä sivua. Levottomuuksien takia arkeologit määrätään lähtemään paikasta, mutta tohtori Miles Holden ja hänen tyttärensä Nora päättävät jäädä tutkimaan pyramidia lähemmin. Osoittautuu, että se kätkee sisäänsä labyrinttejä ja pahoja voimia.