Woody, Andys favorittleketøy, sheriff og selvutnevnt leder for gjengen får plutselig konkurranse når Andy har bursdag og får en ny, superkul Buzz Lightyear i gave. Woody blir selvsagt sjalu når han oppdager at nykommeren Buzz blir både Andys og de andre lekenes nye favoritt. Når Woody og Buzz ved en feiltagelse havner i hendene på nabogutten Sid må rivalene samarbeide for å komme seg unna. Vil de lykkes innen Sid setter i gang med sitt neste eksperiment?

Azur, en ung franskmann som har vokst opp med fortellinger om en djinn-prinsesse, drar til Nord-Afrika på jakt etter djinnen, bare for å oppdage at hans nære barndomsvenn Asmar, en arabisk ungdom hvis mor har oppdratt begge guttene, også er på jakt etter djinn-prinsessen.

Piraten Burgerskjegg (Antonio Banderas) er på jakt etter den siste siden i en magisk bok, som kan gjøre alle de onde planene hans til virkelighet. Men den manglende siden viser seg å være den hemmelige oppskriften til Krabby Patty. Når Burgerskjegg stjeler den, bryter det ut fullt kaos på Bikinibunnen. SvampeBob, Patrick og resten av gjengen må begi seg opp til overflaten for å finne igjen oppskriften og redde byen sin. Den eneste måten de kan bekjempe Burgerskjeggs skurkete planer, er ved å forvandle seg til superhelter ved hjelp av den magiske boken.