跟父亲关系破裂的格温·史黛西，在对付来自异时空的反派秃鹫时，遇到“蜘蛛女侠”杰西卡·德鲁以及堪称团队领袖的“蜘蛛侠2099”米格尔·欧哈拉，得以前往所有蜘蛛侠的大本营。另一边，成了他所在的宇宙唯一蜘蛛侠的迈尔斯·莫拉莱斯，虽然本领越来越娴熟，但不时对自己的身份、跟父母的关系感到十分迷惘，更因为无法见到同伴而倍感孤独。而格温的意外到来，令迈尔斯欣喜不已，两人却没能阻止反派斑点的逃脱。被带到大本营的迈尔斯，遭到米格尔的敌视，并知道了关于自己身世的大秘密。为了返回所在的宇宙，他不得不跟所有蜘蛛侠大打出手，但事情却朝着意想不到的方向发展。

影片架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年（根津甚八 配音）与少女（兵藤真子 配音）。少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。

本作男主角城户龙彦是位在美术专门学校进修的学生，独自一人租房子住。某天在房间墙壁发现一个洞，他好奇的从洞看过去，却看到隔壁房的美女生野惠美留正在自慰，而生野惠美留也从洞看到城户龙彦。后来生野惠美留立了规则：每周一、三、五由城户龙彦偷窥，每周二、四、六由生野惠美留偷窥，周日则公休，被偷窥者不可以刻意闪躲或是盖住洞，要展现自己最真实的一面。