John Hammond rivela a Ian Malcom l'esistenza, in Costa Rica, di un'isola, chiamata "sito B", in cui i dinosauri creati in laboratorio sono stati allevati in totale libertà. Il vecchio miliardario ha perso il controllo della sua società, gestita adesso dal nipote Peter, affarista incompetente e privo di scrupoli. Chiede perciò a Malcom di unirsi a un corpo di spedizione scientifico sull'isola, per documentare la vita dei dinosauri e fare in modo che l'avidità del nipote non provochi un'ulteriore strage. Ma sull'isola, insieme agli scienziati, arriva anche un gruppo di cacciatori guidati da Peter...

Il famoso paleontologo Alan Grant (già conosciuto nel primo Jurassic Park) è in cerca di fondi per degli studi sui Velociraptor e sull'evoluzione della loro intelligenza. L'occasione perfetta si presenta con il milionario Paul Kierby che in cambio di un tour su Isla Sorna gli offre un lauto assegno. Niente di pericoloso, se non che l'aereo che cui stanno viaggiando precipita sull'isola e i malcapitati si trovano imprigionati sull'isola.