Ó, az a kellemes, nyugodt élet Bikinifenéken, ahol ananász a lakás, és a herkentyűburger mindig friss és meleg a sarki Rák-csálóban. Ám a világ hamarosan megláthatja, mennyire be tud durvulni a helyzet a víz alatti paradicsomban, amit Spongyabob Kockanadrág az otthonának nevez. Amikor ő és legjobb barátja, a kelekótya Patrick egy nagyszabású kalandba vágnak, hogy felkutassák Neptunusz király ellopott koronáját, és keresztülhúzzák a gaz Plankton diktátori terveit, Spongyabob azon kapja magát, hogy egy szendvicset vezet azon a kiszámíthatatlan úton, ahol felfedez új világokat, veszedelmes szörnyetegeket, no meg azt, hogy gyereknek lenni végeredményben nem is olyan rossz dolog.
A film cselekménye az Atlanti-óceán 16 000 lábnyi mélységében zajlik. Leküldenek egy 7 főből álló bányászcsapatot a lenti ásványok kibányászására. Már csak néhány nap van hátra, hogy hazamehessenek, amikor egy baleset folytán rábukkannak egy elsüllyedt orosz kutatólabor-hajóra, ami az adatok szerint még mindig szolgálatot teljesít. Kiderül, hogy a hajót szándékosan elsüllyesztették, mivel emberi genetikai kísérleteket folytattak rajta, és meglehetősen balul sült el a dolog. Rejtélyes körülmények között haltak meg a rajta dolgozó tudósok. A bányászok közül ketten isznak a leginkább vodkának tűnő kísérleti anyagot - 24 órán belül halottak, vagy legalábbis úgy néz ki...