악독한 트위디 아줌마가 운영하는 영국의 어느 양계장. 여기 사는 닭들은 언제 트위디의 밥상에 오를 지 모르기 때문에 하루도 맘 편할 날이 없다. 이중 가장 영리한 암탉 진저는 호시탐탐 동료들을 이끌고 탈출할 기회를 엿보지만 번번히 실패하고 고초를 겪는다. 그러던 어느 날, 달걀 판 돈으로는 성에 차지 않던 트위디는 거대한 치킨 파이 기계를 들여놓고 닭들을 대량학살할 음모를 꾸민다. 치킨 파이 기계에 휩쓸려 죽을 뻔한 진저는 탈출의 기회가 얼마 남지 않았음을 깨닫고 수탉 록키와 함께 여태까지와는 차원이 다른 탈주 계획을 세운다.

아서 호젯은 품평회에서 고아 돼지 베이브를 상품으로 받아온다. 호젯 농장이 양치기 개 플라이는 기존 질서에 위배된다는 대장 렉스의 만류에도 불구하고 베이브를 데려다 자신의 새끼처럼 키운다. 베이브는 연로한 양 마와 괴짜 오리 페르디난디를 사귀는데, 호젯은 베이브를 무척 아끼지만 그의 아내는 베이브를 크리스마스 요리로 만들 작정이다. 어느날 양도둑을 발견한 베이브는 경보를 울리고, 베이브의 용맹에 감명받은 호젯은 그에게 양몰이를 맡긴다. 이에 양치기 개의 권위를 침범당한 렉스는 속이 뒤틀린다. 처음 베이브는 개들처럼 위협과 폭언으로 양들을 다스리려 하지만 곧 공손하고 예의바른 태도로 양들의 협조를 이끌어 내는데....

제시(Jessica Riggs: 레베카 하렐 분)는 엄마를 잃고 오빠와 아빠와 사는 가난한 농부의 딸이다. 크리스마스가 가까운 어느날 산타 할아버지가 있다고 믿는 제시는 학교를 마치고 오는 길에 거리에서 크리스마스 장식으로 시청 앞에 걸려 있던 산타 할아버지의 사슴 프랜서가 떨어지는 것을 목격한다. 다음날 숲속에서 사슴 한마리를 발견한 제시는 그것이 프랜서라고 생각하고 집 헛간에다 몰래 숨겨두고 부상당한 다리를 싸매주는 등 정성을 다해서 돌봐준다. 그러고는 산타 할아버지한테 12월 23일 앤틀러 산마루로 프랜서를 데리고 갈 테니 와서 데리고 가라고 쓴 편지를 산타 노릇을 하고 있는 스튜어트에게 전하는데...

어느 시골 마을의 농장. 농부가 잠자리에 들면, 마구간에서는 한바탕 파티가 벌어진다. 파티의 주인들은 다름아닌 가축들. 그들은 인간들의 생각과는 달리, 말도 하고 TV도 보며, 노래도 부르고 춤도 추는, 우리와 똑같은 존재였던 것이다. 천하태평 놀기만 좋아하는 송아지 오티스는 친구들과 함께 하루하루를 빈둥거리며 아버지가 하지 말라는 것들만을 골라하며 말썽을 부린다. 반면 오티스의 아버지이자 농장 가축들의 리더인 벤은 다른 가축들이 파티를 즐기는 동안에도 울타리를 지키며 코요테의 습격으로부터 농장의 가축들을 지키기 위하여 경계를 한다. 그러던 어느 날, 벤이 더 이상 리더로서의 역할을 할 수 없게 되고, 오티스는 아버지 대신 질서를 유지해보려고 하지만, 이 같은 능력은 결코 저절로 얻어지는 것이 아니라는 것을 깨닫게 된다. 때마침, 농장의 주인은 이들의 비밀을 눈치채기 시작하고, 코요테는 벤의 빈자리를 틈타서 농장을 공격할 준비를 하는데...

베이브는 지역 양몰이 대회에서 우승하지만 주인인 호지트씨의 사고로 은행에 농장을 빼앗기게 되자 에스미는 거액의 사례비를 받고 베이브를 품평회 개막식에 보내기로 한다. 공항에서 에스미와 헤어진 베이브는 돼지가 투숙할 수 있는 유일한 모텔 '벼룩지대'에 서커스 출연자들인 동물들과 함께 투숙한다. 그러나 베이브의 실수로 서커스가 엉망이 되고 모두 보호소로 끌려간다. 베이브는 보호소에서 탈출해 다른 동물들도 모두 구출, 에스미와 많은 동물들과 농장으로 돌아온다.