سی سال پس از جنگ جهانی سوم حالا دیگر توکیو به یک شهر بسیار بزرگ و صنعتی تبدیل شده که هیچ آرامشی در آن وجود ندارد، همچنین گروه‌های خلافکاری که شب و روز در حال جنگ با یکدیگرند و اعتراضات شدید مردم نا امنی در این شهر را چندین برابر کرده‌است.یکی از گروه‌های موتورسوار و خلافکار این شهر دسته ای از دانش آموزان هنرستانی، به ریاست کانداست. یکی از دوستان صمیمی کاندا تتسوهو نام دارد که ضعیف‌ترین عضو گروه است و این کانداست که همیشه هوای او را دارد ولی تتسوهو همیشه نسبت به موتور و توانایی‌های کاندا در مبارزه حسادت می‌کند.علت وقوع جنگ جهانی سوم به کودکی به نام آکیرا بازمی‌گردد، آکیرا و سه کودک دیگر وجود داشتند که در گذشته به خاطر توانایی‌های خاصی که داشتند دولت آن‌ها را جمع‌آوری کرده بود ولی آکیرا قدرتی بسیار فراتر از همه آن‌ها داشت و وقتی از کنترل خارج شد جنگ جهانی سوم آغاز شد. پس از جنگ آکیرا را در محفظه دور از دسترس همگان قرار دادند و از آن سه کودک دیگر تحد تدابیر امنیتی شدید نگهداری کردند تا وقتی که سی سال بعد یکی از آن هلا اقدام به فرار کرد
جیمز کول (ویلیس)، یک زندانی حکومتی است که در سال ۲۰۳۵ به شرطی با آزادی اش موافقت می شود که به زمان گذشته برگردد و مانع گسترش یک بیماری ویروسی شود. این بیماری باعث نابودی بیش تر مردم کره ی زمین شده و به خاطر آلودگی هوا، بازماندگان در زیرزمین زندگی می کنند.
دانشمندی در حال ساخت روباتی کوچک با پوشش کتان (شبیه پارچه‌ی گونی) است و داستان با برخاستن روبات کوچکی (شماره ۹) در آینده شروع می‌شود. در طول فیلم بیننده از نابودی دنیا و انسان‌ها توسط ماشین‌ها و ربات‌هایی که توسط انسان ساخته شده آگاه می‌شود. به نظر می‌رسد در پایان دنیا جز برخی ربات‌های فلزی تنها چند ربات با پوشش کتان وجود دارند که آن‌ها نیز در هراس از ربات‌های فلزی زندگی می‌کنند و شماره ۹ نام آخرین ربات کتانی است که بعد از سال‌ها بیدار شده و به جمع این ربات‌ها پیوسته است و در تلاش است تا دوستانش را نجات دهد و دلیل ساخت خود و دوستانش را متوجه شود. داستان ۹ پر از کلیدهایی است که بایستی توسط بیننده رمزگشایی شوند…
لیون اسکات کندی و کلیر ردفیلد، هفت سال بعد از وقایع راکون سیتی دوباره در یک فرودگاه با یک‌دیگر روبرو می‌شوند و باید در مدت ۴ ساعت خطر حمله بیوتروریستی به وقوع پیوسته در فرودگاه را خنثی نمایند…
گروهی از بازماندگان راکون سیتی در صحرای نوادا در حال حرکتند و سعی دارند خود را به آلاسکا برسانند. آلیس به این گروه ملحق می شود و ...