Томас Андерсон (Кијану Ривс) је програмер који ноћу води тајни живот као хакер Нео. Он жели да сазна одговор на питање Шта је то Матрикс? Морфеус (Лоренс Фишбурн) је најтраженији светски хакер који ступа у контакт са Неом и упознаје га са правом природом света у коме се налази. Година није 1999., као што Нео мисли, већ 2199. и људи се боре против машина насталих на почетку 21. века. Планета је прекривена црним облацима које је створио човек како би спречио машине да користе соларну енергију, а као одговор на то машине су до енергије долазиле користећи људска тела као батерије. Свет који Нео познаје од рођења је само симулација направљена како би машине лакше контролисале људе док их држе на апаратима преко којих долазе до потребне енергије. Морфеус је убеђен да је Нео Одабрани, за којим је трагао целога живота. Човек који по легенди има неограничену контролу над Матриксом и који ће одвести људе у победу над машинама.
Плаћене убице и некадашњи сарадници главне јунакиње Црне Мамбе (Ума Турман), насилно упадају у малу капелицу у којој се одржава проба венчања. Њен надређени и остављени љубавник Бил (Дејвид Карадин) жели да се освети јер се Мамба удаје за другога. Смртоносни Одред с Билом на челу остављају трудну младу у крви, сигурни да су је усмртили. Нису ни свесни шта им се спрема за четири године када се из коме пробуди Црна Мамба, звана Невеста, жељна освете.
Смарагдна лисица убила је његовог учитеља и он се враћа кући како би му одао почаст, а нада се и да ће наћи толико жељени унутрашњи мир. Зато свој 400 година стар магични мач "Зелену судбину" жели да препусти Сир Теу, старом пријатељу и ментору. Задатак да Теу однесе мач поверава Yу Шу Лиен, девојци која је такође вична борилачким вештинама и у коју је потајно већ дуго заљубљен. Нашавши се у Теовој палати, мач убрзо бива украден. Осумњичена је Смарагдна лисица. Не видећи други начин да поврати вредни мач, Ли Му Баи се и сам укључује у потрагу за изгубљеним благом. Испоставља се да крадљивац није Лисица, већ да иза свега стоји млада племкиња Јен. Она је присиљена да ступи у нежељени брак, док јој срце чезне за младим Ло Хисао Хуом, пустињским разбојником који је једном напао њен караван. Она је добро упозната с тајнама борилачких вештина, а убрзо ће се испоставити и да је ученица опасне Смарагдне лисице.
Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.
Френк Дукс се пријавио на турнир кумите, илегално такмичење у фул контакту где озбиљне повреде, па чак и смрти нису реткост. Чонг Ли, изузетно немилосрдан и суров борац је фаворит, али он се до сада никада није сусрео са младим Американцем.
Трећи део култног филма Матрикс. Људски град Зион брани се од масовне инвазије машина док се Нео бори да заврши рат на другом фронту, а такође се супроставља и Агенту Смиту.