Dette er oppfølgeren til filmen Prinsen av Egypt og er basert på bibelhistorien. Historien begynner da Josef, sønn av Jakob og Rakel, blir født. Josef vokser opp og blir kalt mirakelbarnet, noe hans brødre ikke setter pris på. Josef har en unik mulighet til å se inn i framtiden via sine drømmer, men han klarer ikke å se at hans brødre vil selge han som slave til Potifar i Egypt. Der blir han satt på prøve igjen, og igjen, men Josef klarer å stå imot.

En Juleaften for lenge siden, krøp et lite barn opp i sekken til Julenissen da han besøkte et barnehjem. Uten at Julenissen oppdaget det, ble barnet med tilbake til Nordpolen. Når de så oppdaget det, ble han tatt vare på av en av Julenissens beste hjelpere og oppfostret som alv. Men etterhvert som han vokser seg til og blir tre ganger så stor som de andre alvene skjønner han at han ikke passer inn i alvenes verden. Så Elf bestemmer seg for å dra til New York for å finne tilbake til røttene sine og finne sin biologiske far. Men alle i New York har mistet troen på både Julenissen og alvene.