I dette action-eventyret møter vi for første gang Mewtwo, en Pokemon skapt ved hjelp av arvestoffer fra Mew, den legendariske Pokemon. Mewtwo er fast bestemt på å vise sin styrke, og greier å kure Ash, Picachu og de andre inn i en Pokemonkamp ingen har opplevd maken til. Mewtwo mot Mew. Super-kloningen mot Pokemon. det er det endelige oppgjør...og verden står på spill.

Ash og vennene hans er på sin reise, for hver av dem har sitt mål. Ash skal bli Pokémon mester, Misty skal bli verdens beste vannpokémon-trener, og Brock skal bli verdens bester pokémon"breeder". Når Ash får et brev om å være med i en slags turnering for kun spesielt inviterte trenere, takker han selvfølgelig ja. Da han og vennene hans ankommer Pokémonsenteret som er det nærmeste til stedet, en øy rett uti havet. Det blåses opp til storm, og båten som skal frakte dem over, innstilles. Både Ash, og hans venner, derav flere andre pokémontrenere gir dermed ikke opp, og prøver med sine vannpokémon å ta seg over til øya, på egen hånd. På øya møter man en såkalt trener, som ikke virker helt som han skal.. Hva skjer nå? Følg med filmen, og se selv!

To helt vanlige ungdommer legger ut på en magisk reise for å redde vennen sin og motstykket hennes fra en annen verden. Men kjærlighet gjør reisen komplisert.