A história centra-se no estudante Koiso Kenji, um rapaz prodígio em matemática que passa o seu tempo a trabalhar em OZ, um mundo virtual. Kenji é um génio com números, mas com dificuldades de se adaptar socialmente. Ele tem uma paixão secreta pela sua veterana Shinohara Natsuki, mas não tem coragem de lhe dizer. No início das suas férias de verão, ele é convidado por Natsuki para ajudar na celebração do 90.º aniversário da sua avó. Embora Kenji não conhece os detalhes do plano, ele concorda e vai com Natsuki a casa da sua avó em Ueda, Nagano. Para grande surpresa de Kenji, ele é apresentado na casa da família Shinohara como noivo de Natsuki.

Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.

Suzuki Zaibatsu encontrou o 51º Ovo de Páscoa feito pela joalheria russa em fevereiro. Kaido Kido enviou à polícia uma carta de advertência de que ele roubaria o ovo que Suzuki mostraria 4 dias depois. Kaido Kido (quando) consegue roubar ovo na hora em que todos estão lá fora.