Možje v črnem so od nekdaj varovali Zemljo pred sovražniki iz vesolja. Toda v najnovejši pustolovščini je izziv veliko večji: sovražnik se tokrat skriva med njimi samimi in znotraj tajne organizacije MIB.

Da bi proslavili pomembno Robovo napredovanje v službi, mu njegova punca Beth in nekaj prijateljev zvečer priredijo velikansko poslovilno zabavo presenečenja, preden bi se za nekaj časa preselil na Japonsko. A tisto noč se v New Yorku dogaja nekaj nedoumljivega in strašnega: mesto je očitno napadla nekakšna velikanska, neustavljiva pošast, velika kot nebotičnik. Vrstijo se izgredi, množične smrti, na ulicah se vojska bojuje z orjakom in legendarni Kip svobode ostane brez glave. Gigantsko skrivnostno bitje uničuje vse na svoji poti, prijatelji pa se odločijo rešiti Beth, medtem ko dogodke ves čas beležijo s prenosno kamero. Nihče ne ve, odkod je prišel pošastni stvor, in ali ga je sploh mogoče pokončati.

Tommy Lee Jones in Will Smith se vračata v drugem delu akcijske komedije, kjer možje v črnem lovijo uporne Nezemljane. Človeštvo ogroža čedna zapeljivka, v resnici vesoljska pošast, ki hoče uničiti Zemljo. K in J morata spet v akcijo.