يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
عام 2035. بعد بلاء الفيروس الذي يدمر الأرض ويقتل الملايين من الناس ، يلجأ الناجون إلى مجتمعات تحت الأرض ، رطبة وباردة. يتطوع السجين جيمس كول للسفر إلى الماضي والحصول على عينة من الفيروس ، وبفضله سيتمكن العلماء من تطوير علاج. خلال الرحلة يلتقي بطبيبة نفسية جميلة ومريض نفسي استثنائي. سيحاول كول العثور على "جيش القرود الاثني عشر" ، وهي مجموعة متطرفة مرتبطة بالمرض.
بعد مطاردة الشرطة لكائن من العالم الآخر ، يتم تجنيد شرطي من مدينة نيويورك كوكيل في منظمة سرية للغاية تم إنشاؤها لمراقبة ومراقبة النشاط الفضائي على الأرض: The Men in Black. يجد العميل كاي والعميل الجديد جاي نفسيهما في وسط مؤامرة مميتة من قبل إرهابي بين المجرات وصل إلى الأرض لاغتيال سفيرين من مجرات متعارضة.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.