إدوارد يتعرض لضغوط حتى يصل به الحال إلى أنه لا يستطيع النوم لفتراتٍ طويلة، لكنه يجد بعض السلام في جلسات العلاج النفسي الجماعي، يتعرف إدوارد على أحد الأشخاص وهو (تايلر ديردن) الذي يحرره من تعلقه بالأشياء الذي تستعبده ،ثم يحرره من خوفه من الناس. يقومان معًا بإنشاء نادي القتال الذي يجذب الكثير من الأفراد المحبطين ،الذين يقومون بإخراج طاقة غضبهم وكرههم للعالم في القتال.
يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
مرت ما يقرب من 10 سنوات منذ أن تم استهداف سارة كونور من قبل سايبورغ من المستقبل. الآن ابنها ، جون ، القائد المستقبلي للمقاومة ، هو هدف لمنهي جديد أكثر فتكًا. مرة أخرى ، تمكنت المقاومة من إعادة حاميها في محاولة لإنقاذ جون ووالدته سارة.
في عام 2257 ، تم تكليف سائق سيارة أجرة عن غير قصد بمهمة إنقاذ فتاة صغيرة هي جزء من المفتاح الذي يضمن بقاء البشرية.
اقتباساً عن سلسلة الكوميكس الشهيرة الرجل العنكبوت تدور أحداث الفيلم حول (بيتر باركر) الطالب اليتيم الهادئ الفقير الخجول الذي يتعرض في أحد المعارض العلمية لعضة عنكبوت معدل وراثياً مما يعطيه قدرات خارقة، بينما يحب بيتر (ماري) في صمت لأنها ترافق صديقه (هاري أوزبورن)، نجد أن (نورمان) والد هاري المليونير غريب الأطوار يستخدم نوعًا جديدًا من مخدرات تعزيز الأداء ليصبح العفريت الأخضر، فيصبح لزاما على بيتر مواجهته لإنقاذ عائلته وأصدقائه.
بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يحصل (الرجل العنكبوت) على مفتاح المدينة نتيجة لجهوده في إنقاذ حياة ابنة العمدة، والمدينة ككل، ونتيجة لذلك يصيبه الغرور، وتتوتر العلاقة بينه وبين حبيبته (مارى جين)، ويواجه بعد ذلك مخلوقًا طفيليًا قادمًا من الفضاء الخارجى لديه القدرة على إضفاء روح عدوانية شريرة.
أصبح جون كونور في العشرينات من العمر، الآن تسعى مدمرة أنثى تدعى تي – إكس أو "تريميناتركس" لقتله، بعدها يتم إرسال مدمر من طراز تي - 800 مرة أخرى عبر الزمن لحماية جون كونور، في الوقت الذي تكون فيه الآلات على وشك النهوض.