Бывший полицейский Бреннер должен вернуться в свой родной город, где он окажется вовлечённым в трагическую историю, в которой замешаны его старые друзья...

Судебный врач-психиатр доктор Джемс Мартин прибывает в тюрьму для проведения психиатрической экспертизы осужденного серийного убийцы Эдварда, которого ждет смертная казнь. Перед процедурой необходимо выполнить все экспертизы дабы убедиться, что заключенный находится в ясном уме и не является сумасшедшим. В случае выявления нарушений психики Эдварда его смертная казнь будет отменена. Проблема в том, что предыдущий психиатр покончил с собой, а сам осужденный заявляет, что он вовсе не человек, а — демон Нефариус. Конечно за годы практики доктор Мартин сталкивался с разными расстройствами личности, но Эдвард оказывается самым сложным пациентом.

1990-е годы, штат Орегон. Агент ФБР Ли Харкер, обладающая чем-то вроде дара ясновидения, начинает заниматься глухим делом без единой зацепки. Десятилетиями в штате происходят похожие трагедии: внезапно отец семейства жестоко убивает родных, потом себя, и в каждом случае среди жертв фигурируют девятилетние дочери. Также на местах преступлений остаются загадочные послания, которые никто не смог расшифровать.

Жена судмедэксперта Дэвида Крэйна была зверски убита, а сам Дэвид в состоянии алкогольного опьянения находился рядом, где и был задержан полицией. Суд снял с Дэвида обвинение в убийстве, но лишил его права воспитывать детей. Случайно услышав доклад нейробиолога Марты Бриггс, Дэвид принимает решение стать подопытной крысой. Дело в том, что, если ввести себе спинномозговую жидкость мертвого человека, то можно видеть произошедшее перед смертью его глазами. Несколько инъекций, и Дэвид раскрывает жуткое преступление. Однако, жизнь самого Дэвида теперь висит на волоске — выберется он из этого эксперимента или погибнет, как погибает каждое восьмое подопытное животное?

Действия картины разворачиваются в мире, который контролируют биоинженерные корпорации. Их сверхзадача - синергия компьютера и человека: "чипизация" неблагонадежных, прошивка мозга для тотального контроля над обществом. Привлекательная идея научного прогресса незаметно для гуманистов выродилась в манию кибернетической тирании. На фоне этой глобальной болезни человечества высвечивается трагическая судьба отдельного человека, подминаемого системой, но не теряющего надежды на свободу и счастье. Главного героя "Прошивки" Люка Гибсона лишили прошлого, перепрошив его сознание с помощью биокомпьютерного имплантата. Теперь Люк борется за свое будущее, узнав истинные мотивы ученых.