보스가 거액의 돈을 가지고 사라지자 중간보스인 카키하라는 그의 뒤를 쫓고, 그런 카키하라를 죽이기 위해 이치라는 킬러가 나선다. 키카하라는 새디즘과 메저키즘을 모두 가지고 있는 인물로 어린 시절의 기억 때문에 자폐적인 성향을 나타내며 불안정한 정서 상태를 가지고 있다. 그는 보스가 사라진 것과 관련이 있다고 생각되는 사람들은 모두 잡아들여 고문을 하는데...
서울, 뉴욕, 프랑스에서 활약중인 3명의 감독들이 각자의 시선에서 바라본 도쿄를 그리고 있는 옴니버스 무비. 미셸 공드리가 연출한 1부 아키라와 히로코는 의자가 되어 버린 여자라는 동화적인 소재를 다루고 있다. 주변으로부터 소외감을 느끼는 주인공 히로코가 자신의 존재가치를 깨닫게 되는 과정을 그린다. 2부 레오 까락스의 광인은 하수도에 사는 괴물이 도쿄 시내에 신출귀몰하면서 펼쳐지는 이야기. 3부 봉준호 감독의 흔들리는 도쿄는 히키코모리의 사랑을 다룬다. 11년 동안 히키코모리 생활을 하고 있는 남자는 매주 토요일이면 시켜먹는 피자배달 소녀를 사랑하게 되고, 어느 날 사라진 소녀를 찾아 결국 외출을 감행한다.
매력적인 화가 지망생 에무 오하라(줄리 콘드라 분)는 샌프란시스코의 한 휴양지에서 그림을 그리던 중 난데없는 처참한 살인 현장을 목격한다. 킬러인 프리맨(마크 다카스코스 분)은 자신의 희생자들을 보며 돌연히 눈물을 흘린다. 에무에게 자신을 요(Yo)라고 소개한 후 홀연히 사라지는 프리맨. 에무는 살인현장을 목격했으므로 그에게 죽어야 하는 운명이 된다. 희생자는 일본 야쿠자 보스 시마자키(마코 분)의 아들(케반 오스지 분)이었다. 시마자키는 킬러가 중국계 범죄 조직인 '용의 아들'에 소속된 프리맨임을 알고 니타 형사(체키 카요 분)에게 프리맨을 잡을 것을 명령한다. 한편 프리맨으로부터 뭔가 특별한 느낌을 받았던 에무는 시마자키가 두 눈에 눈물이 고인채 사망하자 킬러가 요임을 확신한다. 내심 그를 기다리던 에무는 킬러에 대해 추궁하는 니타 형사에게 아무 말도 않고 경찰의 보호마저 거부한다. 보스 자리를 놓고 야쿠자 파벌들의 권력 쟁탈전이 시작되고, 프리맨의 목이 보스 자리의 담보가 되면서 야쿠자들은 프리맨을 죽이려고 에무의 집으로 향한다. 텅 빈 집에서 에무는 자신을 죽이러 온 프리맨을 대면하나 피할 수 없는 운명적 사랑에 빠져드는데...
실종된 딸 카나코(고마츠 나나)의 행방을 쫓는 전직 형사 출신 아키카주(야쿠쇼 코지). 그는 딸을 찾는 과정에서 상상할 수도 없었던 진실과 마주하며 엄청난 사건에 휘말리게 되는데…
신주쿠에서 야쿠자들이 중국계 마피아 조직에 연거푸 살해당한다. 죠지마는 요코하마의 차이나타운에서 ‘일본인도 중국인도 아닌2, 중국계 일본인의 영웅 류이치를 만난다. 난치병에 걸린 딸의 치료비를 구하기 위해 고군분투하는 형사 죠지마. 유학을 보낸 동생과 함께 조직을 확장할 꿈을 꾸는 중국계 일본인 류이치. 그러나 그들의 미래는 결코 보장되지 않는다. 그들은 서로, 자신의 잘못은 아니지만, 상대방의 모든 희망을 빼앗아버린다.
1편, 인생 수업. 세계적으로 유명한 화가인 닉 놀티는 예술에 대한 정열과 그에게 냉담한 제자를 향한 육체적 욕망 사이에서 심한 갈등을 겪는다. 그는 그림을 가르쳐 준다는 빌미로 제자의 발을 묶으려하나, 그녀는 다름 남자와 바람을 피워대고. 2편, 죠가 없는 삶이란. 플룻 연주자인 아버지와 작가인 어머니를 둔 12살 소녀 "죠"가 부모의 잦은 여행으로 혼자 뉴욕의 일류 호텔에 묵으면서, 그녀의 화려한 상상력으로 삭막한 뉴욕생활을 환상적으로 살아간다는 깜찍한 이야기. 3편, 외디푸스 콤플랙스. 변호사로서 안정된 생활 기반을 가진 한 중년의 남자가 결혼 문제에 있어 어머니에게 성가신 간섭을 받는다. 어머니의 영향력으로부터 자유로울 수 없던 그는 어머니가 사라졌으면 하는데.
오사카에 일가를 이루고 있는 도모토파의 외동딸 `키와`는 태어날 때부터 야쿠자의 세계를 겪어 웬만한 야쿠자보다도 강한 근성을 가졌다. `키와`의 남편 `히사무라`가 도모토파의 후계자로 발탁되어 계승식을 하는 날, 도모토파와 대립하는 조직에서 소동을 일으켜 `키와`를 습격하기에 이르고 그러던 와중에 `히사무라`가 상대편 부하를 사살하는 일이 벌어지는데...