Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Möödus kümme aastat sellest, kui John Connor - Nick Stahl - päästis inimkonna hävingust. Täna on John 25-aastane ja elab peidus: tema olemasolust pole dokumentaalseid tõendeid. Nii väldib ta Skynet'i - keeruka masinakorporatsiooni, kes kunagi oma elu lõpetada üritas, jälitamist. Kuid nüüd, tulevikust, on talle saadetud T-X (Kristanna Loken), Skyneti kõige arenenum küborgi tapmismasin. Selle missioon on viia lõpule töö, mida eelkäija T-1000 ei suutnud lõpule viia. T-X on nii halastamatu masin, kui see on oma inimlikust aspektist ilus. Nüüd on Connnori ainus ellujäämislootus Terminaator.