나이 든 노인 밀턴은 펜실베이니아 작은 마을에서 홀로 살아간다. 딸 데니스가 한 번씩 밀턴의 집에 들러 아빠의 상태를 확인한다. 그러던 어느 날, 외계 우주선이 밀턴의 집 뒷마당에 불시착한다. 그리고 우주선에서 나온 외계인이 정신을 잃고 쓰러진다. 밀턴은 911과 시의회에 이런 사실을 알리지만 아무도 그의 말을 믿지 않는다. 밀턴은 딸에게 연락하지만, 데니스는 전화는 물론 메시지도 받지 않는다. 밀턴은 외계인을 집 안으로 초대해 물과 음식을 제공한다. 밀턴은 회복한 외계인에게 집을 소개하고 마음을 터놓는다. 그 후 밀턴을 방문한 이웃 샌디가 외계인과 마주친다. 외계인은 손상된 우주선을 수리하기 시작한다. 밀턴은 캘리포니아에 거주하는 소원한 아들에게 전화한다. 한편 정부의 비밀 요원들이 지구에 추락한 외계인을 추적하는데...

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

일본으로 떠나는 롭을 위한 뉴욕시내의 송별 파티장. 친구 허드는 떠나는 롭에게 전할 마지막 인사를 캠코더에 담느라 분주하다. 파티의 분위기가 무르익을 무렵, 어디선가 알 수 없는 괴성이 들려오며 파티장은 순식간에 암흑에 휩싸이고, 지진이 발생한 듯 도시 전체가 요란하게 흔들린다. 당황한 일행 중 누군가가 급히 TV를 켜자, 뉴스에서는 ‘정체불명의 거대괴물이 맨해튼 시내를 무자비하게 파괴하고 있다! 즉시 대피하라!’는 뉴스만이 반복된다. 다급히 옥상으로 올라가 바깥상황을 살펴본 롭과 일행은 처참히 파괴되어가는 도시와 ‘그 놈’이 날려버린 자유의 여신상의 머리가 길바닥에 나뒹구는 사태를 바라보며 놀라움을 금치 못한다. 절체절명의 위기 속에서 다급해진 롭은 미들타운에 사는 여자친구 베스에게 연락을 취하지만, 불통이다. 친구들의 만류에도 분류하고 롭과 일행은 베스를 구하러 미들타운으로 향하는데…

우주의 지배자에 의해 한 혹성에 감금되어 있던 괴물 '크리터'들이 혹성을 탈출해 지구로 온다. 그들은 보이는 것은 아무것이나 물어뜯고 먹어치우는 괴물이다. 우주의 사냥꾼 바운티 헌터가 크리터들을 잡기 위해 따라오지만 그 사이 크리터는 켄사스의 한 마을을 쑥밭으로 만들어 버린다. 농장의 평화를 지키려는 브라운 일가족은 그들에게 맞서보지만 하루 아침에 궁지에 빠진다.일가족을 지키려는 소년 브래디(스콧 그림스)와 장난기 가득한 괴물 크리터들의 대결이 펼쳐진다.

늘 티격태격하는 대니와 월터 형제는 아빠(팀로빈스)가 출근한 사이 지하실에서 오래된 보드게임 자투라를 발견한다. 성질 더러운 누나 리사가 잠든 사이 몰래 게임을 시작하는 두 형제… 하지만 게임판의 레버를 당기자마자 집은 우박처럼 쏟아져내리는 유성 때문에 만신창이가 되고, 간신히 유성을 피한 대니와 월터가 밖으로 도망치려 문을 여는 순간 눈앞에는 끝없이 광활한 우주가 펼쳐져 있었다… 한순간에 우주로 날아간 두 형제는 게임을 시작한 사람이 끝낼 때까지는 영원히 게임 속 우주에 갇힌다는 사실을 알게 되는데… 과연 대니와 월터는 자투라 카드 때문에 꽁꽁 얼어버린 리사, 영원히 우주를 방황하는 우주비행사, 미쳐버린 파괴 로봇, 그리고 공포의 외계인 조르곤의 공격, 엄청난 크기의 혜성 등 온갖 난관을 이겨내고 무사히 지구로 돌아올 수 있을까?

2065년 지구는 혼란스럽고 운석과 행성들의 충돌로 수많은 에일리언들의 공격을 받는다. 에일리언들의 강력한 오염물질은 지구인들의 목숨을 위협하고, 혼란속에 살아남은 자들은 지구를 되찾기 위해 노력한다. 아키 박사는 조언자인 시드 박사와 캡틴 그레이의 도움을 받아 에일리언과의 전쟁을 시작하는데...

서기 2020년. 세계 최초의 우주 비행사들이 화성 착륙에 성공하였다. 그러나 화성 탐사 대원들이 화성에 도착하자마자 작전 사령관 루크 그래함(Luke Graham: 돈 치들 분)과 그의 대원들은 위협에 직면하게 된다. 루크는 악몽이 시작되기 바로 직전, 메시지를 지구에 타진하지만 루크를 제외한 모든 대원들은 형체를 식별할 수 없는 거대한 힘에 의해 공중분해되어 우주 공간으로 사라진다. 인류 최초로 인간이 화성 착륙에 성공하자 NASA는 그 기쁨에 취하기가 무섭게 탐사 대원이 전송한 메시지를 받고 경악을 금치 못한다. NASA는 황급히 화성에서 일어난 비극의 원인을 조사하고 생존자를 구하기 위하여 구조작전에 착수한다. 구조작전 사령관 우디 블레이크(Woodrow 'Woody' Blake: 팀 로빈스 분)와 짐 멕코넬(Jim McConnell: 게리 시나이즈 분)은 동료 대원 닥터 테리 피셔(Terri Fisher: 코니 넬슨 분), 과학자 필 올마이어(Phil Ohlmyer: 제리 오코넬 분)와 팀을 이루어 화성을 향한 6개월간의 대장정에 돌입한다. 그러나 화성 착륙 직전 구조대가 탄 우주 비행선에 기체 결함이 발생한다. 가까스로 본체에서 분리시킨 착륙선에 옮겨타기 위한 과정에서 사령관 우디 블레이크가 대열에서 이탈하게 된다. 누군가가 그를 구조하지 못할 경우 우디는 영영 우주의 미아가 될 운명에 처하고 그의 아내인 닥터 테리 피셔는 남편을 구하기 위해 목숨을 걸지만 두 사람의 목숨이 다 위험하다는 것을 알고 있는 우디는 스스로 자폭하여 아내의 목숨을 구한다. 사령관의 주검을 뒤로 한 채 나머지 대원들은 마침내 화성착륙에 성공한다. 유일한 생존자 루크 그래함과 조우한 구조 대원들은 루크가 촬영한 녹화자료와 음성자료를 분석한다. 이 자료를 통해 대원들은 화성에도 뭔가 정체를 알 수 없는 생명체가 존재하고 있으며, 그 생명체가 자신들에게 의미는 알 수 없지만 특별한 메시지를 보내고 있다는 것을 알아내게 되는데.

메인 주의 작은 마을, 네 친구는 더디츠를 위협에서 구해주게 된다. 더디츠는 구해준 보답으로 자신만이 갖고 있는 신비한 능력을 나누어 준다. 세월이 흐른 후, 숲 속 산장에 완전히 고립된 네 친구는 정체 모를 힘이 점점 옥죄어 오면서 생명의 위협을 감지하게 되는데…

엉뚱한 판단으로 운좋게 사건을 해결해가는 비밀요원 딕스 대령. 달기지 베이건의 '인간-외계인부'의 행정관인 미모의 카산트라 미나지 양을 만나, 현재 백악관에 있는 대통령이 진짜 대통령이 아니라는 사실을 알게된다. 진짜 대통령은 달기지에 감금되어있고, 현재 대통령 행세를 하고 있는 사람은 대통령의 복제인간인 것. 대통령을 구출하는 임무를 맡게된 딕스 대령은 달로 향한다. 달기지의 연구 책임관인 프랫 박사를 만난 딕스 대령은 그곳에서 수많은 복제실험이 행해지고 있음을 알게된다. 프랫 박사의 방을 뒤져 달기기 설계도를 찾아내 대통령이 어디 있는지 알아내려던 딕스 대령은 아슬아슬하게 프랫 박사의 눈을 피해 도망치지만 결국 들켜서 프랫 박사의 협박을 받게된다. 하지만 딕스 대령의 설득으로 맘을 고쳐먹은 듯 보이는 프랫 박사에 의해 대통령을 쉽게 찾아 지구에 있는 가짜 대통령과 바꿔치기 하지만, 사실 이 모든 것이 거짓이었고, 진짜 대통령을 가짜와 바꾸는 일에 동참했다는 사실을 알게 되는데.