هری سومین سال را در مدرسه هاگوارتز سپری می‌کند و مشکلات جدیدی در انتظار او هستند. قاتل محکوم، سیریوس بلک از زندان جادوگران گریخته است و اکنون به دنبال هری می‌آید.
داستان در مورد پسری به نام هری پاتر است که پیش خاله و شوهر خاله‌اش زندگی می‌کند، زیرا پدر و مادرش سال‌ها قبل در یک تصادف کشته شده‌اند. هری پاتر که در این ۱۰ سال زندگی پیش خانوادهٔ دورسلی تحقیر را تحمل کرده، با افشای یک راز توسط فردی عجیب، ناگهان خود را جادوگری می‌یابد که بزرگ‌ترین جادوگر قرن را از بین برده است. امّا این جادوگر که ولدمورت نام دارد هنوز نابود نشده است و کمر به قتل پسری بسته است که زنده ماند.
هری در چهارمین سال تحصیلش، به طور مرموزی به عنوان یکی از مسابقه‌دهندگان در یک رقابت خطرناک میان سه مدرسه‌ی جادوگری انتخاب می‌شود.
هری پاتر دومين سال تحصيلی‌اش را در مدرسه جادوگری هاگوارتز شروع می‌کند اما يک موجود اسرار آميز در مدرسه در کمين اوست. صداهای شيطانی از ديوارها بگوش می‌رسند و حوادث وحشتناکی در هاگوارتز اتفاق می‌افتد.
هری پاتر در سال ششم هاگوارتز تحصیل می‌کند. او کتاب معجون سازی دست دومی را پیدا می‌کند که صاحب قبلی آن شخصی به نام «شاهزادهٔ دورگه» است. هری برای اولین بار کلاس‌های خصوصی با دامبلدور دارد که در آنها به مرور و بازبینی خاطرات لرد ولدمورت می‌پردازند.
در دوران جنگ جهانی دوم، دو زندانی آمریکایی درحالیکه سعی داشتند از بازداشتگاه 17 فرار کنند، کشته می‌شوند. همین اتفاق باعث می‌شود زندانی‌های دیگر، به وجود یک خبرچین در بین خودشان پی ببرند و فردی به نام «سِفتون» که در بازداشتگاه، بازار سیاه به راه انداخته، مضنون اصلی این جریان می‌باشد.
هری پاتر در مقطع پنجم دروس هاگوارتز است. وزارت سحر و جادو باور نمی‌کند که لرد ولدمورت بازگشته است و از این جهت هری پاتر و دامبلدور را تحت فشار می‌گذارد.
پسر بچه ای به نام «کوین» (کالکین)، به دلیل شیطنت هایش، شب پیش از سفر خانواده اش برای تعطیلات کریسمس، تنبیه می شود تا در اتاق زیر شیروانی بخوابد، و او هم پیش از خواب آرزو می کند که تمام اعضای خانواده اش ناپدید شوند. صبح روز بعد، همه «کوین» را فراموش می کنند و به سفر می روند و وقتی متوجه نبود او می شوند که دیگر دیر شده است.