מיסיונר (ג'רמי איירונס) מקים כנסייה בג'ונגלים העוינים של ברזיל ומצליח להמיר את דתם של כמה מהמקומיים. רודריגו מנדוזה (רוברט דה נירו), חייל חסר-לב שהרג את אחיו, מצטרף לכנסייה של איירונס, מוצא בה הארה ומבקש להיות כומר. לאחר שרשויות הכנסייה מעבירות את טריטוריית הכנסייה לפורטוגזים, איירונס ודה נירו צריכים לשמר את אשר הקימו.
עסקת נשק בינלאומית מסתבכת: סוחרי נשק ממדינות שונות ודיקטטור דרום אמריקאי נפגשים לעסקה גדולה. מתנות, רומן וסיבוכים בלתי צפויים מאיימים לקלקל את העניינים.