Misato e il suo gruppo anti-Nerv Wille arrivano a Parigi, una città ormai rossa per effetto del Core. L'equipaggio dell'ammiraglia Wunder atterra su una torre di contenimento. Hanno solo 720 secondi per ripristinare la città. Quando appare un'orda di Nerv Eva, l'Unità Eva 8 potenziata di Mari deve intercettarla. Nel frattempo, Shinji, Asuka e Rei vagano per il Giappone...

Caleb, un programmatore ventiquattrenne impiegato presso la più grande società informatica del mondo, si aggiudica la possibilità di trascorrere una settimana nel rifugio privato di montagna che appartiene a Nathan, il solitario CEO della società. Ma quando Caleb raggiunge la località remota, scopre che dovrà partecipare ad uno strano ed affascinante esperimento in cui occorrerà interagire con la prima vera intelligenza artificiale al mondo, dalle fattezze di una bellissima ragazza robot.

Quando un blogger tecnologico ottiene un'intervista con un guru della tecnologia e ferma un attacco contro di lui, trova un misterioso anello che lo riporta indietro di 57 secondi nel passato.

Karl Hochman, impiegato in un negozio di computer, ha un grave incidente automobilistico e viene portato in ospedale sotto l'occhio vigile di un "brain scanner" (controllore cerebrale). Per un improvviso blackout elettrico, Hochman muore, ma il suo spirito continua a circolare all'interno della rete elettronica Datanet Corp.