In "Die Passion Christi" werden die letzten zwölf Stunden im Leben von Jesus von Nazareth erzählt. Judas, einer seiner Jünger, verrät Jesus nach dem letzten Abendmahl an die pharisäischen Hohepriester, die den Prediger daraufhin gefangen nehmen. Die Hohepriester - allen voran deren Anführer Kaiphas - fürchten durch Jesus ihren gesellschaftlichen Status zu verlieren, beschuldigen ihn daher der Gotteslästerung und verlangen seinen Tod. Doch weder der römische Statthalter Pontius Pilatus, der erkennt, dass es sich bei den Anschuldigungen um eine politische Intrige handelt, noch König Herodes sind gewillt, das Todesurteil zu besiegeln...
Der Film erzählt die erste Hälfte des Buches Genesis. Es beginnt mit der Schöpfungsgeschichte und der Vertreibung Adams und Evas aus dem Garten Eden. Kain erschlägt seinen Bruder Abel. Die Arche Noah bewahrt Noah vor der Sintflut. Abraham zieht nach Kanaan, wo der gläubige Mann beinahe seinen Sohn Isaak opfern muss.
Der Film erzählt die Lebensgeschichte von Franz von Assisi, dem Begründer der Franziskaner. Aus einem wohlhabenden Kaufmannssohn wird ein armer Mann, der sich den Ungerechtigkeiten um ihn herum annimmt. Auch fordert er so die römische Kirche, allen voran Papst Innozenz III. heraus.
Erzählt wird die Geschichte der Geburt von Jesus von Nazareth, beginnend bei der Verkündung des Engels Gabriel an Maria, dass sie die Mutter des Messias werden wird. Der Film rekonstruiert die beschwerliche Reise von Nazareth nach Bethlehem, und parallel die Angst von König Herodes dem Großen von der Geburt des Messias. In Bethlehem kommt schließlich Jesus zur Welt.
Abraham erhält von Gott den Auftrag in ein Land zu ziehen, dass er ihm zeigen wird. Auf der Reise in das Gelobte Land Kanaan muss Abraham und sein Stamm zahlreiche beschwerliche Aufgaben bestehen. Auch wird Abraham mehr als einmal auf eine harte Probe gestellt, so auch an dem Tag, als er auf Anordnung Gottes seinen Sohn Isaak opfern soll.
Der junge Zimmermann Jesus scheint ein ganz normaler Mensch zu sein, doch seine übermenschlichen Taten lassen die Leute glauben, dass er der Messias ist. Er spricht mit den Bewohnern über Gott, heilt Kranke und erweckt Tote zum Leben. Dem jüdischen Rat ist er mit seinen Wohltaten ein Dorn im Auge, denn sie sehen sich in ihrer Machtposition bedroht. Diese Chance lässt sich Judas nicht entgehen und verrät dem Rat für ein paar Silberlinge, wo sich Jesus aufhält. Der Prophet wird eingesperrt und wegen Blasphemie zum Tode verurteilt. Die tagelange Folter, der er in Gefangenschaft standhalten musste, lassen Jesus am Kreuz sterben. Jesus wird daraufhin von seiner Mutter Maria in einer Höhle begraben. Nach einigen Tagen findet Maria das Grab ihres Sohnes leer auf, doch die Jünger möchten ihr keinen Glauben schenken. Erst als Jesus vielen anderen Bewohnern erscheint, ist ihnen klar, dass der Messias von den Toten auferstanden ist. .
Die Jüdin Hadassa kommt an den Hof von Xerxes, dem König der Perser, und nennt sich ab nun Esther. Xerxes verliebt sich in sie und heiratet das junge Mädchen. Esther kommt bald darauf einem Komplott auf die Schliche. Demnach plant Haman, der Hauptkämmerer des Königs, die Vernichtung der Juden in Persien, und somit auch ihr eigenes Leben und das ihes Onkels Mordechai.
Jakob betrügt seinen Zwillingsbruder Esau und muss um dessen Zorn fürchten. Er flieht durch die Wüste nach Haran zu seinem Onkel Laban. Hier verliebt sich Jakob in Labans Tochter Rahel. Er willigt ein, für Rahel sieben lange Jahre zu arbeiten, wird jedoch in der Hochzeitsnacht ebenfalls betrogen, als nicht Rahel sondern ihre Schwester Lea neben ihm liegt. Jahre später trifft Jakob auch auf Esau.
David, ein Schafhirte aus Betlehem, wird von Samuel, dem Propheten Gottes, zum neuen König Israel gesalbt. Nachdem David Goliath, den Philister ermordete, und die Sympathie des Volkes gewonnen hat, muss er vor dem eifersüchtigen Saul fliehen. Jahre später kehrt er nach Jerusalem zurück, und gründet sein Königtum. Doch auch in seiner eigenen Familie gibt es Probleme, die ihn herausfordern.
Nach dem Tod seines Vaters, des Zimmermanns Joseph, zögert Jesus, seiner Berufung zu folgen. Doch Maria spricht ihm Mut zu und so lässt er sein bisheriges Leben hinter sich. Als er eine Vielzahl von Wundern vollbringt, schließen sich ihm nach anfänglichen Zweifeln immer mehr Menschen an. Beim letzten Abendmahl verabschiedet sich Jesus von seinen Jüngern und erwartet den Verrat durch Judas. Erneut wiedersteht Jesus den Verlockungen Satants und macht sich bereit für einen grausamen Tod am Kreuz. Doch drei Tage später ist seine Grabkammer leer und Jesus erscheint seinen Jüngern. Sie sollen verkünden, das die Liebe den Tod besiegt hat.......
König Herodes erfährt von der Prophezeiung, die die Geburt eines mächtigen Herrschers ankündigt. Daraufhin gibt er den Befehl, alle neugeborenen Knaben in Bethlehem zu töten. Maria und Josef flüchten mit ihrem Sohn Jesus vor den Häschern.
Der Film erzählt von der Schöpfung der Welt, und von Adam und Eva, die aus dem Paradies vertrieben werden, als sie Gottes Wort nicht gehorcht haben. Kain begeht aus Neid den ersten Mord der Geschichte an seinem Bruder Abel. Als Jahrhunderte später die Menschheit böse ist, beschließt Gott, die Welt in einer Sintflut zu vernichten; nur Noah überlebt in seiner Arche.
Wie wird ein Ehrenmann reagieren, wenn ein Pazifist zu einer politischen Tat aufgerufen wird, die den Lauf der Geschichte verändern könnte? Dies ist die wahre Geschichte von Dietrich Bonhoeffer, einem Mann, der Liebe predigte und gleichzeitig die Ermordung eines bösen Tyrannen plante.