L'ambition et son pouvoir sont au centre de Cremaster 3. L'action se déroule dans le Chrysler Building à New York, dans les années 1929-1930, au moment de sa construction. Matthew Barney superpose l'architecture du building au rite d'initiation des francs-maçons. Chez ces derniers, la progression se fait en trois grandes étapes (apprenti / compagnon / maître) et est marquée par une série d'épreuves. Seule une volonté inflexible permet d'accéder de la base au plus haut niveau et d'atteindre la perfection qui rapproche de Dieu. Cremaster 3 s'ouvre et se clôt par la légende celte de la formation des îles de la mer d'Irlande. Deux géants irlandais et un Ecossais vont s'affronter. Le plus petit d'entre eux a recours à la ruse pour l'emporter.

L'épisode se déroule sur l'île de Man, célèbre pour sa course de motos annuelle et pour abriter une espèce rare de bélier, le loughton ram. Le film s'articule autour de trois actions simultanées : deux équipes concurrentes font le tour de l'île, tandis que le candidat Loughton arpente des souterrains visqueux. Ils sont chacun assistés par une triade de "fées" asexuées et bodybuildées qui facilitent ou retardent leurs progressions respectives...

Suite au suicide d'un travesti connu, un inspecteur de police rencontre un psychiatre qui l'informe sur le travestissement en lui racontant deux histoires. La première : Glen ne peut avouer à sa fiancée qu'il aime porter ses vêtements, en l'occurrence ses pulls angora. La deuxième : Alan, qui décide de se faire opérer en devenant une femme.