고고학자인 스칼릿(페디타 윅스)은 아버지의 뒤를 이어 고대 연금술사 플라멜이 만들었다는 “철학자의 돌”을 찾고 있다. 전설에 따르면 이 유물은 영원한 생명의 길을 알려주는 신비한 돌이다. 곳곳의 유적지를 돌며 고대의 언어를 추적해가던 스칼릿은 파리의 지하에 있는 지하묘지 카타콤에 철학자의 돌이 있다는 사실을 알아낸다. 스칼릿을 비롯해 동료 고고학자 조지, 카메라맨 벤자민, 카타콤의 안내자 파피용, 파피용의 친구 수시, 등반 전문가 제드 등 6명의 일행은 미로 같은 파리의 지하 묘지로 내려가고, 그들은 잊고 싶었던 자신들의 악몽 같은 과거와 마주하게 되는데...

19년 전, 아내가 의문의 사고로 사망 후 딸 엘리노어는 집을 가출해버린다. 오싹한 기운이 감도는 집안에 홀로 남겨진 아빠 팀은 은둔형 외톨이로 살아간다. 팀은 수면무호흡증을 경험할 때 기이한 현상들이 생기는데 옆집의 닉과 조앤이 이를 안쓰럽게 여기며 그를 도와준다. 과연 그는 스스로 벗어날 수 없는 기이한 현상의 굴레에서 벗어 날 수 있을 것인가?

미대생 정화(서우)는 학교 근처의 작은 아파트로 이사를 하던중 순간적으로 발을 헛디뎌 상자 위에 올려져 있던 조각상이 화단에 떨어뜨린다. 부러진 조각상을 주우려던 그 때 기괴한 문양의 탈이 그려진 부적이 눈에 들어오고, 전시회 과제를 찾고 있던 정화는 부적에 흥미를 느끼게 된다. 이사 후 옆집에서 들려오는 괴상한 노크 소리. 매일 밤 12시 들려오는 옆집의 일정한 노크 소리에 정화는 밤 늦도록 잠을 이루지 못하고 부적을 옆에 놓고 나무 판에 스케치를 하며 탈을 만들기 시작한다. 그러던 어느 날 밤 늦게 귀가하던 정화는 엘리베이터 앞에서 헝클어진 긴 머리에 맨발인 기괴한 여자와 마주친다. 잠시 뒤 엘리베이터에서 내린 그녀는 아무도 없는 조용한 옆집을 노크한다. ‘똑! 똑! 똑’ 반복적으로 이어지는 노크소리…… 정화는 왠지 모를 두려운 기운에 발걸음이 빨라지는데…

카메론은 12세 때 어느 날 밤에 일어났던 사건 때문에 아버지와의 사이가 멀어진 후 누나와 삼촌과만 연락하며 지낸다. 그리고 몇 년 후, 카메론은 감옥에서 삼촌의 사망 소식을 듣고 삼촌의 유골을 찾으려고 탈옥하여 마을의 빈집에 숨어들었다가 집주인이었던 바트 지오다니의 유골을 발견한다. 집 안에 있는 편지를 읽고 바트가 아들 알과 싸운 뒤 서로 연락하지 않는 사이란 걸 알아차린 카메론은 자신과 아버지와의 관계를 떠올리며 어떤 운명에 이끌리듯이 바트와 알의 사이를 화해시키려 하고 바트가 남긴 유품과 편지를 알에게 소포로 부친다. 그 후 카메론은 누나의 도움으로 무사히 경찰의 눈을 피해 삼촌과 자신의 비밀 장소에 도착하고, 거기서 삼촌의 유해를 발견해 매장한 뒤 경찰에 자수한다. 1년 뒤 출소한 카메론은 누나에게서 삼촌의 유품을 받아 살펴보던 중 비디오카메라에 찍힌 영상을 발견하고, 그 영상을 통해 자신이 12세 때 일어났던 사건의 범인은 사실 아버지가 아니라 삼촌이었다는 걸 알게 된다. 그리고 카메론은 알이 바트의 유품을 받았는지 끝내 확인하지 못한 채 바트의 명복을 빈다.