Mens SG-1 ser på at Ba'al skal bli henrettet, den eneste gjenlevende av Goa'ulds systemherrer, forsvinner plutselig Vala og Teal'c i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell drar tilbake til en forandret verden der Stargate-programmet ikke eksisterer. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd kommer hundrevis av Goa'uld morskip i bane rundt jorden. De ledes av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans første prime Teal'c. De gjenværende medlemmene av SG-1 må finne Stargaten og gjøre ting riktig igjen før Goa'uldene tar over.

Eventyret starter for 40 år siden da gutten Sam møter den høyst uvanlige Celebi, en liten men veldig kraftfull Pokemon. De to blir gode venner. Men det finnes et problem, Celebi blir jaget av Pokemonjegere som vil utnytte de enorme kreftene hans til å styre hele verden med ondskap. For å slippe unna tvinges Celebi til å ta i bruk sitt mektigste våpen: Evnen til å reise fremover i tid. Ved en feiltagelse blir Sam med på turen og de lander i nåtiden hvor de møter Ash, Pikachu og den legendariske Pokemon Suicune. Men jegerne har fulgt etter og nå blir det plutselig opp til de andre å beskytte Celebi - og redde verden!

Det finnes ikke bare étt univers, men mange! Og i hvert eneste av dem, lever en versjon av deg! Og dere deler den samme livskraften! Hver eneste Multiversagent, bortsett fra tidligere etterforsker Gabriel Yulaw, som har reist mellom 123 forskjellige univers og drept sine alter ego i hvert av dem. For hvert drap av seg selv får han tilført den frigjorte livsenergien. Og kraften blir større og større jo færre individer det er igjen. Til sist har han bare én igjen å drepe før han står igjen som den eneste! Den siste som står igjen, den "andre" Gabriel Yulaw, kjent som Gabe, er alt som står mellom han og hans bisarre mål.