داستان در مورد پسری به نام هری پاتر است که پیش خاله و شوهر خاله‌اش زندگی می‌کند، زیرا پدر و مادرش سال‌ها قبل در یک تصادف کشته شده‌اند. هری پاتر که در این ۱۰ سال زندگی پیش خانوادهٔ دورسلی تحقیر را تحمل کرده، با افشای یک راز توسط فردی عجیب، ناگهان خود را جادوگری می‌یابد که بزرگ‌ترین جادوگر قرن را از بین برده است. امّا این جادوگر که ولدمورت نام دارد هنوز نابود نشده است و کمر به قتل پسری بسته است که زنده ماند.
هری پاتر دومين سال تحصيلی‌اش را در مدرسه جادوگری هاگوارتز شروع می‌کند اما يک موجود اسرار آميز در مدرسه در کمين اوست. صداهای شيطانی از ديوارها بگوش می‌رسند و حوادث وحشتناکی در هاگوارتز اتفاق می‌افتد.