2002년, 세월이 흐르며 특차 2과의 말썽꾼들도 이리저리 흩어져 나가고, 고토와 시노부 등만 남아서 2과를 지키고 있었다. 바빌론 프로젝트도 거의 마무리를 향해 달려가는 시점에서 레이버 범죄도 많이 감소해 그럭저럭 평온하고 무난한 일상이 이어지던 중, 정체불명의 전투기가 미사일로 요코하마 베이 브릿지를 파괴하는 사건이 터진다. 사건 당시 촬영되었다는 영상에서 문제의 전투기가 자위대가 운용하는 F-16J임이 방송에서 공개되지만 자위대는 이 사실을 부정한다. 이어 벌어진 가짜 도쿄 공습 사고로 경찰청이 자위대를 압박하면서 두 조직이 점점 첨예하게 대립하게 되고, 정부가 자위대의 손을 들어주어 자위대가 치안 유지를 위해 기계화 부대를 이끌고 도쿄에 들어오는 등 정국은 엉망이 된다. 사건을 한 걸음씩 조사해나가던 고토와 시노부는 '츠게 유키히토'란 남자가 그 배후에 있음을 알게 되는데...

2116년에 일어난 동남아시아 연합 SEAUn에서의 사건 후, 코가미 신야는 방랑의 여행을 계속하고 있었다. 남아시아의 작은 나라에서 게릴라에게 습격 당하고 있는 난민 버스를 구한 코가미는 텐징이라는 한 소녀를 만나게 되고, 원수를 갚기 위해 싸우는 법을 가르쳐 달라는 부탁을 받게 된다. 출구가 없는 세상 가운데에서, 복수를 바라는 소녀와 복수를 마친 남자가 지켜보는 이 세상의 모습은...

레이버라는 기계가 사람이 하던 일을 대신하기 시작하는 1999년. 신종 범죄인 레이버 범죄를 단속하기 위해 기동경찰 패트레이버가 탄생한다. 한편 도쿄에서는 바람이 불 때 발생하는 저주파를 이용한 바이러스가 등장하여 모든 레이버를 감염시킨다. 수천대의 레이버가 폭주하는 가운데 메인 컴퓨터의 바이러스를 제거하기 위해 패트레이버가 출동하는데...

아카네가 공안국 형사과 1계에 배속되기 전 2112년 여름 오키나와. 국방군 제15통합 임무부대의 스고 텟페이는 우수한 조종사로서 군사작전에 참여하고 있었다. 3개월 후 무인 무장 드론이 도쿄의 국방성을 공격하는 사건이 발생하고, 사건 조사를 위해 국방군 기지를 방문한 형사과 1계 집행관 마사오카 토모미는 스고와 함께 사건의 진상에 접근한다.

도쿄만 일대에서 레이버가 습격을 받는 사건들이 발생하자 죠오난 서의 형사, 쿠스미와 하타가 조사에 나서지만 난관에 부딪힌다. 한편 하타는 대학강사인 사에코를 만나 점점 그녀에게 빠지게 된다. 조사를 계속하던 쿠스미와 하타는 만 근처에 떠 있는 비축기지에서 사람을 잡아먹는 괴물과 조우하게 되고 사건의 범인이 이 괴물임을 알아챈다. 하지만 이 괴물이 남긴 근육조각에 대한 분석 결과가 나오자 모든 상황은 뒤바뀐다. 바로 이 괴물이 누군가에 의해 만들어진 괴물이라는 것. 사태는 경시청, 방위청, 특차 2과까지 휘말리게 되고 하타가 모르는 사에코의 모습까지 알게 된다. 수많은 의혹이 교차되는 사이 또 다시 괴물이 도쿄만에 나타나고 특차 2과 제 2소대는 레이버와 함께 이 괴물 사건을 종결짓기 위해 출동한다. 그 사이 하타는 이 괴물이 사에코가 자기 의지대로 만들어 냈다는 사실을 발견한다. 한편 제 2소대는 괴물을 처치하기 위해 스타디움으로 유도한다. 괴물과의 사투를 벌이던 제 2소대는 마침내 괴물을 처치하는데 성공한다.

2054년 파리는 모든 행동이 감시되며 녹화되는 미로 같은 도시가 되어버렸다. 파리는 이제 거대 기업 아바론의 암영 아래 있게된 것이다. 한편, 미와 지성을 모두 갖춘 젊은 과학자 일로나가 납치당하는 사건이 일어나고, 아바론은 유능하지만 문제 많기로 유명한 경찰 카라스에게 가능한 빨리 그녀를 구출하도록 의뢰한다. 그러나 일로나를 찾는 것은 카라스만이 아니었다. 일로나는 자신도 모르는 사이에 인류와 연관된 은밀한 실험 계획의 열쇠가 될 중요한 단서를 가지고 있었던 것. 카라스가 찾은 모든 증인들이 죽음을 맞이하는 가운데, 그는 과연 그녀를 구출해낼 수 있을 것인가.

때는 서기 3000년, 제페토 박사는 사이버 펭귄 스펜서의 도움을 받아 피노키오를 탄생시킨다. 감정을 느낄 수 있는 슈퍼로봇으로 만들어진 피노키오는 다른 아이들처럼 학교를 다니며 인간 소년이 되고 싶다는 소원을 품게 되는데 홀로그램 요정인 시베리아는 피노키오가 옳고 그름을 배울 수 있게 되면 그 소원을 이뤄주겠다고 약속한다. 한편 스캠보빌 도시를 무자비하고 삭막하게 운영하는 시장은 자신이 만든 놀이공원이 아이들에게 철저히 외면받자 피노키오를 사악한 목적으로 이용해 복수하고자 하는데...

[록키와 불윙클의 모험]이 끝나고 35년 후, 냉전이 종식되고 도시의 산업화가 이루어지면 서 최고의 인기를 누리던 [록키와 불윙클 쇼]역시 시청률 하락으로 폐지되기에 이른다. 폐허가 된 프로스트시에서 록키와 불윙클은 재방송료를 챙기며 근근히 살아가고, 만화의 나레이터 역시 엄마가 요리하는걸 혼자 중계하며 소일거리로 시간을 보낸다. 한편 냉전이 끝나자 고국에서 쫓겨난 독재자 겁없는 위원장(로버트 드니로)과 그의 졸개 보리스(제이슨 알렉산더), 나타샤(르네 루소)는 세계정복을 위한 최후의 계획을 실현하기 위해 할리우드의 제작자 미니에 의해 현실 세계의 경계를 넘는다. 만화 역사상 최고로 못된 세명의 주인공들은 RBTV(Really Bad Television)라는 방송국을 세워 최면 방송으로 전 미국인들의 얼간이화를 이룩, 겁없는 위원장을 대통령으로 당선시킬 목적이다. 이에 FBI에 서는 긴급하게 풋내기 요원 카렌 심퍼시(파이퍼 페라보)에게 세 악당의 영원한 적수 록키와 불윙클을 도와 사건을 해결할 것을 명령한다. 갈수록 나무와 풀도 없이 황폐해져가는 프로스트시의 앞날을 걱정하던 불윙클은 백악관으로 대통령을 만나러 가려던 참에 카렌에 의해 록키와 함께 현실 세계로 빠져나오게 된다. 이후 록키와 불윙클은 카렌과 함께 RBTV를 통한 겁없는 위원장의 연설을 막기 위해 뉴욕을 향한 모험을 시작한다. 한편 두 주인공을 저지하기 위한 보리스와 나탸샤의 눈물겨운(?) 작전들은 매번 실패하고, 날지못하는 다람쥐 록키와 2미터의 키에 커다란 머리를 가진 북미산 말코사슴 불윙클은 잊혀진 영웅에서 다시 한번 부활을 꿈꾸게 되는데…