Tajemnica Ojca Pio to udana próba ukazania prawdziwego oblicza Stygmatyka oraz bardzo trudnej drogi, jaką przeszedł, by na jej końcu stać się jednym z największych świętych Kościoła. Twórcy zadbali o niepublikowane dotąd materiały: zeznania świadków życia świętego, jego duchowych dzieci, osób, które doświadczyły nawrócenia i uzdrowienia, oraz zdjęcia, nagrania i wypowiedzi współbraci z San Giovanni Rotondo. Film bez ogródek ujawnia, jak niewyobrażalnemu ogromowi prób został poddany skromny zakonnik z Pietrelciny: oszczerstwa i poddawanie w wątpliwość stygmatów, podsłuchy zakładane nawet w konfesjonale, posądzanie o intymne kontakty z kobietami, kary i prześladowania także ze strony osób związanych z Kościołem. Niezwykłe emocje towarzyszą widzowi, gdy śledzi on autentyczne nagrania Ojca Pio i słyszy jego charakterystyczny, jakby niepasujący do wizerunku głos. Całości dopełnia sprawiający ogromne wrażenie ekskluzywny materiał dokumentujący niedawną ekshumację ciała św. Ojca Pio.

Wybrany do testowania Błękitnego Gromu Frank Murphy (Scheider) nie kryje zdumienia poznając niezwykłe możliwości maszyny. Błękitny Grom może prześwietlać ściany, nagrywać rozmowy prowadzone szeptem i równać z ziemią całe budynki. Murphy nie ufa zwierzchnikom i wraz ze swym partnerem Lymangoonem (Daniel Stern) odkrywa, że wojskowi chcą wykorzystywać supernowoczesny helikopter do inwigilowania zwykłych obywateli. Jego plany poznaje skorumpowany pułkownik Cochrane (Malcolm McDowell). Murphy porywa więc Błękitny Grom i wyzywa lotnictwo wojskowe podniebny pojedynek nad Los Angeles.