인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데...

미래의 지구는 인류를 종말시키려고 나타난 위협적인 형태의 외계 군단과 전쟁을 벌인다. 고등학교를 졸업한 조니 리코(캐스퍼 반 디엔)는 우주함대 사관학교에 진학한 여자 친구 카멘 이바네즈(데니스 리차드)의 환심을 사기 위하여 우주 방위군의 기동 보병에 자원 입대한다. 이때 그를 짝사랑하는 디지 플로레스(디나 마이어)도 자원 입대한다. 조니는 친구 에이스 레비(제이크 부시)와 함께 신병훈련소에서 고된 훈련을 받고, 마침내 힘든 훈련 과정을 우수한 성적으로 마친 다음 지구 방위군의 분대장으로 임명된다. 한편, 지구가 P혹성의 외계 군단으로부터 공격을 받아 조니의 고향인 부에노스아이레스가 지도에서 흔적도 없이 사라지는 사태가 발생하게 되는데...

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

약물을 통해 모든 인간들의 감정, 생각 등이 통제되고 있는 미래 사회, 인간은 로봇과 다를바 없이 제어된 삶을 살아간다. 그러나 주인공 THX 1138은 룸메이트 LUH 3417과 사랑에 빠지고, 이에 대한 대가를 치르게 된 THX 1138은 로봇경찰들을 피해 목숨을 건 탈출을 시도한다. 시리즈의 거장 조지 루카스의 초기 SF 걸작을 대형 스크린으로 확인할 수 있는 기회! (2013년 17회 부천국제판타스틱영화제) , , 등 미래 사회를 다룬 수많은 영화들에게 영향을 미친 파격적인 영화인 이 작품은 조지 오웰의 『1984』에서 영감을 받은 감독의 15분짜리 단편 (1957)를 장편영화로 만든 영화이자 최소한의 특수 효과로 제작된 저예산 SF영화이지만 흥행에는 실패했다. 그러나 루카스 감독은 자신의 영화사에서 개발한 고유 음향 시스템을 THX라 이름 붙이며 이 영화에 대한 변함없는 애정을 과시했다. (2007년 1회 충무로국제영화제)