Pärast mõne pulmapäeval teda tappa üritanud jõugu liikme elimineerimist jätkab "Mamba Negra" kättemaksu ja üritab ülejäänud jõugu lõpuni viia, eriti kunagise ülemuse Billiga, kes ta surnuks jätis, jättes ta maha. koomas.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Kui Bond (Roger Moore) saadetakse uurima salajase infolekke põhjust Zoran'i nimelises firmas, avastab ta ühe suure pettuste ja mõrvade rea. Firma salapärane juht Max Zorin (Christopher Walken) on koostanud plaani kõrvaldamaks maailmas kõik enda konkurendid, isegi kui ta peab selleks miljoneid inimesi tapma. Aga enne kui Bond saab Zoriniga tegemist teha, peab ta jagu saama Zorini abilisest May Day'st (Grace Jones). Teda aitab imeilus Stacey (Tanya Roberts). Bond korraldab tormijooksu Zorinile, ning lõplik võitlus toimub Kuldse Värava Sillal (Golden Gate Bridge).