Entinen Pohjois-Korean armeijan huippuagentti UHM Cheol-woo pakenee Etelä-Koreaan mukanaan vallankaappausyrityksessä loukkaantunut maan johtaja. Pakomatkallaan UHM törmää Blue Housein (Etelä-Korean presidentin kanslia) ulkomaisten turvallisuusasioiden päällikköön KWAK Cheol-woo:hun. Pian he ymmärtävät, että heidän on toimittava yhteistyössä estääkseen uusi sota Koreoiden välillä - sodan, joka eskaloituessaan tarkoittaisi maailmanlaajuista ydinsotaa.
CIA:n sisällä toimii operaatio Threadstone, jonka tarkoituksena on tuottaa superagentteja valtion tarpeisiin. Ohjelmaan valitut yksilöt syövät päivittäin sinisiä ja vihreitä pillereitä, jotka lisäävät niin heidän psyykkisiä kuin fyysisiä kykyjään. Tieto operaatiosta on vuotanut talon ulkopuolelle ja ohjelma päätetään lopettaa. Jotta kukaan ei saisi tietää asiasta, tapetaan kaikki koulutuksessa mukana olleet. Geenimuunneltuja superagentteja ja heidän muokkaamiseensa osallistuneita tiedemiehiä aletaan murhata ympäri maailmaa. Yksi Outcomin agenteista, Aaron Cross, ei kuitenkaan pidä itsensä eliminoimisen ajatuksesta ja pakenee yhdessä häntä muokanneen lääkärin Stephanie Snyderin kanssa. Pakomatkalle he saavat peräänsä CIA:n tahtipuikoissa pyörivän Byerin, jonka pääasiallinen tehtävä on päästää Mr. Cross hengiltä.