중학생인 나가미네 미카코와 테라오 노보루는 서로 좋아하는 사이다. 그러나 미카코는 국제 연합군 선발대의 멤버가 되고, 노보루는 평범한 고등학교에 진학한다. 미카코와 노보루 각자 지구와 우주에서 휴대 메일을 통해 서로 연락을 주고 받지만 우주군 전함 리시테아호가 목성 에우로파 기지를 경유해 태양계 안쪽으로 향하면서 메일이 왕복하는 시간은 점점 길어진다. 지구에서 미카코를 기다리고 있는 노보루는 초조하게 미카코의 메일을 손꼽아 기다리며 지낸다. 그러나 이윽고 리시테아 함대가 워프를 실시하자, 미카코와 노보루의 시간은 엇갈리고 마는데...

평범한 지방 도시의 건물 꼭대기에 거대한 괴물이 나타난다. 지역 방위군이 작전에 돌입하고 주민들은 소란을 일으킨다. 용감하고 호기심 강한 소녀 유키는 소년 데츠가 센코라는 이상한 생물체를 키우고 있음을 알게 된다. 유키는 이내 데츠와 센코의 친구가 된다.

가까운 미래에 석유는 고갈 위기에 처해있고 유럽은 일련의 지하터널로 연결되어 있다. 이 터널들을 항해하면서 로저는 특별한 목소리를 듣는다. 목소리에서 벗어나려 애쓸수록 그는 정신과 육체의 통제에서 벗어난 기이한 음모에 휘말리게 된다.

많은 고아를 수용하고 있는 Bodhi 수용소. 고아들은 노역과 군사훈련의 성격을 띤 고된 훈련에 시달리고 있다. 고된 노역 대가로 배급주는 한 모금의 물. 이로 인해서 B0dhi내의고아들간에 파벌이 생긴다. 어느날 집단 패사움을 벌인 이들은 지배 자의감시단에 걸려든다. 생존을 위해 도망가던중에 이들은 우주에서 흘러들어온 구 형의 발광체를 발견하지만 도난당하고 만다. 원형 발광체를찾기 위하여 Crock과 Terra일행은 B0dhi를 되찾기 위해 지배집단의본부로 잠입해 들어간 이들 아웃 사이더 들은 원형 발광체를 그들손에 넣고물도 마음대로 먹을 수 있게 된다.