체이스가 소멸하고 나서부터 수년 후… 사람들의 기억 속에서 로이뮤드들의 위협이 잊혀져 갈 무렵, 로이뮤드의 리더였던 하트가 되살아난다. 더구나 하트의 체내엔 브렌과 메딕의 코어가 담겨있었다. 같은 시각 로이뮤드와 매우 흡사한 괴물이 출몰해 시민을 습격하는 사건이 발생하자, '이제 와서 미련에 사로잡혀 배회하며 인간을 해하는 로이뮤드는 보고 싶지 않다'고 생각한 하트는 직접 옷타 경부의 수사에 협력한다. 그리고 로이뮤드로 추정되는 괴물에게 습격당한 시민들이 모두 수년 전 로이뮤드에게 카피당했던 사람들임이 판명, 메딕이 카피하였던 하토리 미스즈도 수수께끼의 괴물에게 위협당한다. 마치 로이뮤드들의 집합체 같은 모습을 한 괴물의 넘버는 무려 '5886'...?[4] 하트는 괴물의 넘버와 모습에서 괴물이 가진 무서운 목적과 정체를 알아채지만, 로이뮤드로서의 진정한 힘을 되찾지 못하여 고전을 면치 못한다. 그런 하트의 앞에 토마리 신노스케가 나타나는데.....
지구 시각 2673년 3월 26일, 삭막해진 세상에 모든 미련을 버린 테일러 일행을 태운 우주선이 1년 6개월만에 어느 행성의 바다에 불시착한다. 그들은 이곳이 지구에서 320광년 떨어져 있고, 오리온좌의 태양 주위를 돌고 있는 어느 이름 모를 행성으로 추측한다. 행성의 생명체 유무를 위해 사막 위의 긴나긴 탐사 여행을 하던 그들은 곧 원시인의 무리를 발견하지만, 곧 말을 타고 총을 쏘아대는 원숭이들 무리에 쫓기게 된다. 이 행성은 바로 원숭이들의 지배 하에 있었고, 인간의 모습과 거의 비슷한 원시인들은 야생 동물처럼 살고 있었다.
아내 매기의 부재로 인해 AI가 탑재된 메이드를 들이기로 한 닉. 딸이 마음에 들어한 메이드를 집에 입주시키고 ‘앨리스’라는 이름을 붙인다. 청소, 요리, 장보기까지 완벽하게 집안일을 해내는 앨리스. 닉은 편리함을 느끼지만 그것도 잠시, 앨리스는 닉을 위한다는 명목 아래 아슬아슬한 행동을 이어간다. “마음이 힘들면 능률이 떨어지죠. 제가 도와드릴게요” 아내 매기의 목소리까지 흉내 내는 앨리스와 금단의 선을 넘은 닉. 매기가 집으로 돌아오고 닉은 모든 것을 없었던 일로 하고 싶지만 앨리스는 닉에 대한 집착을 멈추지 않는다. 위험한 일도 서슴지 않으며 그녀는 폭주하기 시작하는데…
어느 날 갑자기 러시아 모스크바 도심 한가운데로 거대한 비행 물체가 추락하고, 외계 존재의 등장에 국가는 비상사태에 돌입한다. 한편 추락 현장에서 가까스로 살아남은 ‘율리아’는 죽은 친구의 복수를 위해 비행 물체에 접근한다. 그 과정에서 다시 한번 위험에 빠진 ‘율리아’는 갑자기 나타난 외계 존재의 도움으로 목숨을 건지게 되고, 그들이 지구에 온 목적이 침략이 아님을 알게 된다. 하지만 시간이 지나도 떠나지 않는 외계 존재에 대한 적대감과 분노가 커져가는 ‘툐마’를 비롯한 사람들은 군대를 조직해 전쟁을 준비하고, ‘율리아’는 미스터리한 존재 ‘하콘’과 함께 일어나서는 안될 전쟁을 막기 위해 결국 나서기로 하는데... 인류의 운명을 건 외계 존재와 인류와의 전쟁 일으킬 것인가, 막을 것인가!
서기 2029년, 우주정거장에서는 인류의 종의 기원을 밝히기 위한 연구가 진행 중이다. 인간들은 훈련 받은 침팬지를 이용해 비밀을 밝힐 소 우주선을 은하계로 내려보낸다. 하지만 우주선이 레이더에서 사라지는 사고가 발생하고, 공군 대위 레오 데이비슨(마크 월버그)이 긴급 출동하지만 계기판이 작동을 멈추고 이상한 힘에 이끌려 우주선은 이름 모를 행성의 늪지대에 추락한다. 레오가 도착한 행성은 원시의 모습을 가지고 있는 암울한 곳으로, 그곳에 살고 있는 인간들은 유인원에게 길들여져 멸시당하고 노예와 같은 비참한 생활을 하고 있는데…
존스는 일급 비밀을 담은 컴퓨터 디스크를 훔치기 위해 FBI가 고용한 도둑이다. 그는 NASA 엔지니어가 디자인 한 강력한 스포츠 카 블랙문을 타고 디스크를 훔친다. 이를 차지 하려는 FBI와 거대 실업가 리 빙의추적을 피해 휴가를 간 존스는 그곳에서 아름다운 차도둑 린다 해밀턴에게 블랙 문을 도난당하는데...