「신이 6일 만에 세계를 창조했다면 나는 60분 만에 그것을 파괴하고 낙원을 창조할 것이다.」 갑자기 모습을 드러낸 수수께끼의 사나이 에스/ 가면라이더 에덴은 동참하는 수천 명의 신자들과 함께 전 세계 동시다발 테러를 일으킨다.사람들이 차례차례로 쓰러져, 온 세상이 혼란에 빠지는 가운데, 에스를 멈추기 위해 일어서는 히덴 아루토. 후와 이사무, 야이바 유아, 아마츠 가이, 나아가 멸망신뢰.net의 진 과 호로비도, 가면라이더가 되어 적과 싸우며 진상을 규명하고자 분투한다. 과연 압도적인 강점을 보이는 에스의 정체와 에스가 정조준한 낙원이란 도대체 무엇을 의미하는가? 인간과 AI의 울타리를 넘어 60분 만에 세상을 구해내라!

함께 살던 안드로이드 인간 양이 어느 날 작동을 멈추자 제이크 가족은 그를 수리할 방법을 찾는다. 그러던 중, 양에게서 특별한 메모리 뱅크를 발견하고 그의 기억을 탐험하기 시작하는데…

폴 콘웨이는 IQ가 비상하여 15세 나이에 인간의 뇌에 대한 눈부신 연구 결과를 얻게 된다. 그는 비비라는 로봇을 만들었는데 비비는 뛰어난 지능과 굉장한 힘을 가졌고 폴의 가장 좋은 친구이다. 폴의 이웃집 소녀 사만다는 알콜중독자이며 질투심이 강한 홀아버지 해리와 살고 있다. 폴과 사만다. 톰이 할로윈 날 저녁, 독신이며 성격이 괴팍한 엘비라라는 노파의 집에 들어 가려하자 엘비라가 총 쏘고 그것을 맞은 비비는 부서지게 된다. 한편 사만다는 만취한 아버지가 계단에서 밀어버려 뇌출혈로 병원으로 옮겨지나 죽고 만다. 톰의 도움으로 사만다를 집으로 데려온 폴은 비비의 인공두뇌를 사만다의 뇌에 부착시켜 그녀를 살려내고 광에 숨겨둔다. 그뒤로 해리와 엘바라가 차례로 살해되는 끔찍한 사건이 일어나게 되는데...

도시의 한 아파트에서 새 삶을 꾸리려던 연인 제임스와 소피. 하지만 제임스의 아버지가 갑작스럽게 돌아가시고, 제임스는 회사와 큰 저택을 물려받게 된다. 도시 생활을 원했던 소피는 새 생활에 적응하지 못하며 하인들을 전부 해고하고 결국 둘은 인간과 흡사한 인공지능 로봇인 헨리를 대저택에 들이는데...

크라운 대은하에 존재하는 4개의 항성계(이스터, 웨스터, 사잔드, 노우즈)와 장대궤도를 지닌 스턴트 유성으로 말미암아 구성되는 조커 태양성단이 이 이야기의 주된 무대. 조커 성단에는 지극히 발달하였지만 완만하게 쇠퇴를 시작하고 있는 문명이 있다. 4개의 태양계의 몇 안 되는 행성에서 거주하고 있는 인류는 무수한 국가를 형성했으며, 이 국가들은 세력 확대를 위해 서로 싸우고 있었다. 그 국가간 분쟁의 비장의 카드는 바로 「모터헤드 (MH)」라 불리는 인간형의 거대 로봇. 그리고 과거의 초 문명의 피를 계승받아 초인적인 전투능력을 가졌고, MH를 조종할 수 있는 헤드라이너(사람들에게는 「기사」라고 불린다.)들이며, 또한 그 양자의 중매를 하는 인공생명체「파티마」. 이렇게 2가지이다. 그 조커에서 인류를 훨씬 능가하는 2개의 존재가 만나 연결된다. 한 사람은 혹성 델타·베른의 통치자이며 성단 제일의 미모와 두뇌 그리고 수많은 신기를 가지고있는 「빛의 신」"아마테라스의 미카도"(천조제). 또 한 사람은 광기의 천재과학자 Dr.발란셰가 창조한, 아마테라스와 동등의 힘을 지닌 「초생명체(더블 입실론·휴먼)」"라키시스". 이윽고 그들은 성단 전체를 전쟁의 불꽃에 휘말려들게 하는 대침공을 개시하고, 그러자 인류의 생존과 명예을 건 신과의 싸움이 시작된다.

초현대식 설비를 자랑하는 쇼핑센타에 야간경비용으로 도입된 3대의 로보트... 빠른 스피드로 센터 안을 이동하며 레이저 광선과 마취총 등 여러 무기를 사용하여 침입자를 격퇴하는 초정밀 로보트가 갑자기 컴퓨터 고장을 일으켜 살인기계로 변한다. 표적은 그날 밤 아무도 없는 센터 안에서 파티를 즐기려는 젊은 남녀 8명...철문으로 닫혀진 거대한 밀실속에서 어떤 충격에도 견디는 초합금 살인 로보트와 젊은이들의 처절한 싸움은 시작되었다.

전작의 엔딩에서 악령들이 득실거리는 밀랍 인형 박물관을 불타오르고 주인공 마크와 세라는 모든 일이 끝났다고 안심하며 집으로 돌아가지만 그 둘이 모르는 사이에 스스로 움직이는 사람의 잘린 손(?) 악령이 박물관을 빠져나와, 세라의 집까지 쫓아가서는 그녀의 계부를 망치로 때려죽이는데 정작 피해자인 세라가 아버지 살인의 누명을 쓰면서 그 모든 오해를 풀기 위해 다시 차원을 넘어 시간을 뛰어넘는 여행을 하면서 벌어지는 이야기

법과 질서가 무너진 멸망의 세상, 약탈을 일삼는 무법자들과 함께 혼란으로 가득 차 있다. 사막 위 무법자들을 이끄는 두목 '워로드'는 유일하게 제거되지 못한 인공지능 로봇을 발견하고, 의미심장한 명령을 내리게 되는데…! 생존 전쟁이 시작된다! 미친 사막 액션이 폭발한다!