화재로 어머니를 잃은 11살 소년 ‘마히토’는 아버지와 함께 어머니의 고향으로 간다. 어머니에 대한 그리움과 새로운 보금자리에 적응하느라 힘들어하던 ‘마히토’ 앞에 정체를 알 수 없는 왜가리 한 마리가 나타나고, 저택에서 일하는 일곱 할멈으로부터 왜가리가 살고 있는 탑에 대한 신비로운 이야기를 듣게 된다. 그러던 어느 날, ‘마히토’는 사라져버린 새엄마 ‘나츠코’를 찾기 위해 탑으로 들어가고, 왜가리가 안내하는 대로 이세계(異世界)의 문을 통과하는데…!

대성공으로 막을 내린 머펫 공연단은 오랜만에 이뤄진 그들만의 공연을 이렇게 끝내기가 너무 아쉽다. 서로 서로 힘을 주며 바로 2편 제작에 들어가는 머펫 극단 친구들. 커밋을 중심으로 다시 유럽 투어에 나서게 된 공연단. 그들에게 나타난 놀라운 능력의 새로운 매니저 도미닉은 베를린부터 유럽 전역을 돌며 공연할 것을 제안하고 베를린에서 시작된 공연은 매진을 기록하며 전세계인들의 사랑을 받는다. 하지만 사실 도미닉은 커밋과 똑같이 생긴 흉악 범죄자인 자칭 일인자 콘스탄틴의 부하 이인자로 커밋을 유인해 시베리아 수용소로 보내고 커밋과 똑같이 생긴 콘스탄틴이 단원들을 속이고 커밋을 연기하며 공연 이외의 박물관 털기 등으로 또 다른 범죄를 저지르고 있다. 약혼녀인 미스 피기까지 속이는 콘스탄틴과 영문도 모른 채 시베리아 수용소에 갇히게 된 커밋. 둘의 운명은 과연 어떻게 될 것인가?