‘카오루’의 죽음 이후 공황 상태에 빠진 ‘신지’. 한편, 네르프 총사령관 ‘겐도’는 ‘서드 임팩트’ 즉, ‘인류보완계획’을 놓고 ‘제레’와 갈등을 벌인다. 이에 ‘제레’는 양산형 에바를 투입해 네르프 본부와 에바 파일럿들을 향해 총공격을 감행하고 맹공에 혼수 상태였던 ‘아스카’까지 완전히 폭주한다. ‘신지’는 ‘미사토’의 도움으로 겨우 초호기에 오르지만, 인류의 운명을 결정해야 하는 상황에 한계에 부딪히게 되는데…

세계를 붕괴시킨다는 '마왕인자'를 가진 마왕후보 '카스가 아라타'는 트리니티세븐의 한 명인 아사미 리리스와 함께 유적을 조사하고 있었다. 갑작스레 날아가게 된 곳은 세계의 모든 지혜를 관장하는 곳, '천공 도서관'이었다. 그 곳에 붉은 벼락과 함께 아라타와 닮은 진홍의 마왕, 어비스 트리니티가 나타나는데. 그는 마왕을 멸망시키기 위한 마왕이자, 막강한 힘의 소유자로 오랫동안 천공 도서관에 봉인돼 있었다. 아라타의 마왕인자에 반응해 봉인이 풀린 그는 마왕으로서의 힘을 되찾고 세계를 멸망시키겠다고 하는데, 그 열쇠가 되는 것이 그의 딸 리리스였다. 아비스의 위험한 힘에 사로잡힌 리리스를 구하고 최강인 마왕을 쓰러뜨리기 위해 아라타는 마왕 병기를 찾지만, 그것을 사용하면 사람으로서의 마음을 잃고 완전한 마왕이 되어버린다는데. 아라타에게 역대 최고의 위기가 찾아온다!

시속 600km의 거대 쓰나미가 도시를 휩쓸고 간 3년 후, 가족과 떨어져 혼자 생활하는 지질학자 크리스티안은 이번에는 사상 최악의 지진이 오슬로를 덮칠 것을 예측한다. 하지만 누구도 그의 말을 믿어주지 않고 심상치 않은 그의 예감은 결국 적중하게 된다. 발 밑의 모든 것이 뒤집히기 시작하고 그의 가족도 고층 빌딩 속 대지진 앞에서 위험에 빠지게 된다. 다가 올 대재난 속에서 그는 이번에도 가족을 구할 수 있을까?

1969년 6월 조는 트위스터, 즉 토네이도의 회오리 바람에 아버지가 날아가는 것을 목격한다. 그로부터 어른이 된 조는 아버지를 앗아가버린 토네이도를 쫓아 이를 연구 분석하며 확실한 예보를 할 수 있는 시스템을 개발하여 인명을 구하고자 한다. 그녀의 가장 든든한 파트너는 빌이지만 그는 조와 이혼 수속을 밟으려 조를 마지막으로 찾게 된다. 그러나 이들 앞에 토네이도가 연속으로 나타나게 되고 그에 동화되어 버린 빌은 자신의 약혼녀인 멜리사와 함께 조의 연구팀을 뒤따르게 되는데...

기후학자인 잭 홀박사는 남극에서 빙하 코어를 탐사하던 중 지구에 이상변화가 일어날 것을 감지하고 얼마 후 국제회의에서 지구의 기온 하락에 관한 연구발표를 하게 된다. 급격한 지구 온난화로 인해 남극, 북극의 빙하가 녹고 바닷물이 차가워지면서 해류의 흐름이 바뀌게 되어 결국 지구 전체가 빙하로 뒤덮이는 거대한 재앙이 올 것이라고 경고한다. 그러나 그의 주장은 비웃음만 당하고 상사와의 갈등만 일으키게 된다. 잭은 상사와의 논쟁으로 퀴즈대회 참가를 위해 뉴욕으로 가는 아들 샘을 데려다 주는 것을 잊어 버리고 만다. 얼마 후 아들이 탄 비행기가 이상난기류를 겪게 되고 일본에서는 우박으로 인한 피해가 TV를 통해 보도되는 등 지구 곳곳에 이상기후 증세가 나타나게 된다. 잭은 해양 온도가 13도나 떨어졌다는 소식을 듣게 되고 자신이 예견했던 빙하시대가 곧 닥칠 것이라는 두려움에 떨게 된다. 잭은 앞으로 일어날 재앙으로부터 아들을 구하러 가려던 중 백악관으로부터 연락을 받는다. 잭은 브리핑을 통해 현재 인류의 생존을 위해서는 지구 북부에 위치한 사람들은 이동하기 너무 늦었으므로 포기하고 우선 중부지역부터 최대한 사람들을 멕시코 국경 아래인 남쪽으로 이동시켜야 한다는 과감한 주장을 하면서 또다시 관료들과 갈등을 겪게 된다. 이동을 시작한 사람들은 일대 혼란에 휩싸이게 되고 그럼에도 불구하고 잭은 아들이 있는 북쪽 뉴욕으로 향한다. 인류를 구조할 방법을 제시한 채 아들을 구하기 위해 역진하는 잭의 운명은 어떻게 될 것인가? 또, 인류는 지구의 대재앙을 극복할 수 있을 것인가?

미국 링컨국제공항의 매니저인 멜 베이커스펠드(버트 랭카스터 부)는 두 가지 난관에 봉착해있다. 하나는 애정이 완전히 식어버린 아내와의 불화이고, 또 하나는 이착륙이 불가능할 정도의 폭설이다. 방금 비상착륙하던 비행기 하나가 활주로 한쪽을 막고 있다. 이런 공항을 무대로 그랜드호텔식 이야기가 펼쳐진다. 스튜어디스를 임신시킨 비행기 조종사 버논(딘 마틴 분)은 악천후를 뚫고 이륙을 하려고 한다. 승객 가운데에는 무임승차를 밥 먹듯이 하는 할머니와 괴로운 표정을 한 실직 폭파전문가도 포함되어 있다. 할머니는 끊임없이 수다를 떨며, 실직자는 비행기가 이륙한 후 폭파시켜 아내에게 거액의 보험금을 안겨줄 생각뿐이다. 눈은 끊임없이 오고, 활주로를 막아선 비행기를 치우는 것도 힘겹기만 하다.

궤도를 이탈한 달이 지구를 향해 떨어지기 시작하면서 지구의 중력과 모든 물리적인 법칙이 붕괴된다. 거대한 해일과 지진, 화산폭발, 쓰나미와 이상기후까지 상상조차 불가능했던 모든 재난으로 전 세계는 공포와 혼란에 빠진다. 달과 충돌까지 남은 시간은 단 30일. NASA 연구원 파울러, 전직 우주 비행사 브라이언, 그리고 우주 덕후 KC는 달을 막을 방법을 찾기 위해 마지막 우주선에 오른다.

혜성이 도시를 휩쓸고 지나간 다음 혜성의 빛에 노출된 사람들은 사라지고 반 정도 노출된 사람들은 좀비로 변하게 된다 하지만 집에 머물렀던 사람들은 그대로 살아남게 되고 이 와중에 살아남은 레지나와 사만다 자매는 부모들을 찾기 위하여 동분서주 하게 되고 좀비들의 무지막지한 공격에 쫓기게 되는데...

미국 정부에선 인공지진으로 적을 공격하는 비밀 병기 데스티니 (D-E-S-T-I-N-Y)를 개발 한다. 그로 인해 지구 핵, 코어(CORE)의 회전이 멈추면서 지구엔 갖가지 기상 이변이 발생, 재난이 속출한다. NASA측은 대학에서 지구 물리학을 가르치는 조슈아 키스박사에게 현 상황에 대한 진단을 부탁하고 박사는 이런 상태라면 1년 안에 지구가 전멸할 것이라고 말한다. 인류가 살 수 있는 방법은 화성 크기의 지구 핵을 다시 회전 시키는 방법 밖에 없다는 결론 끝에 미 정부와 NSA측은 6명의 전문가로 구성된 팀을 만들어 이들을 지구의 코어로 내려 보내는 프로젝트를 추진한다. 이 프로젝트의 핵심은, 코어에 들어가 핵 폭탄을 터뜨려서 지구 핵을 다시 회전 시킨 뒤, 그로 인해 발생될 거대한 충격파를 피해 지상으로 다시 귀환하는 것이었다. 그러나 몇 천도의 지열과 엄청난 압력 속을 뚫고 코어로 들어가는 여정엔 뜻 하지 않은 수 많은 변수가 이들을 기다라고 있었다. 그 와중에 대원들은 차례로 죽어가고, 짐스키는 지상 관제소에 프로젝트를 포기하겠으니 '데스티니' 프로그램을 가동하라는 최후통첩을 한다. '데스티니'로 인해 코어의 회전이 멈췄으니, '데스티니'로 다시 회전을 일으킬 수 있다는 이유. 지상에선 '데스티니'를 발사할 준비에 들어가지만, '버질'호의 남은 대원들은 이번 임무를 끝까지 이행 시키기로 결심한다.

12월 31일, 북대서양 한가운데를 항해 중인 호화 유람선 ‘포세이돈’. 20층 규모, 13개의 여객용 갑판, 800개의 객실을 갖춘 포세이돈에는 연말파티가 한창이다. 밴드가 ‘올드랭사인(Auld Lang Syne)’을 연주하고 모두들 샴페인 잔을 들어 다가오는 새해를 축하하고 있다. 이 순간, 바다를 지켜보다가 이상한 조짐을 감지한 일등 항해사는 저 멀리 수평선에서 47미터가 넘는 벽을 형성한 거대한 파도 ‘로그 웨이브’가 포세이돈을 향해 초고속으로 돌진하고 있음을 발견한다.

사상 최악의 대지진이 일어난다! 워싱턴 디씨에서 강도 7의 지진이 일어나 도시 전체가 혼란한 상황이 일어나자 지진의 최초 발생지인 블랙리버 마운틴으로 간 에밀리 레인 박사(브리트니 머피)는 지진 원인을 조사하던 중 차를 탄 채 땅속에 묻혀 있는 광산 폭파 전문가 부머를 구해준다. 시간이 흐를수록 지진의 피해는 커져가고 관제시설의 마비로 통신 불능 상태, 미국을 초토화 시키는 대 지진을 막아야 한다! 지진을 잠재울 수 있는 방법은 진행중인 지진 보다 더 큰 지진을 일으키는 방법 뿐! 이를 위해 정부에서는 인공지진을 일으킬 수 있도록 설계된 티타닉빔을 발사시키지만 활화산의 멘탈층을 건드려 마그마를 활성화 시켜버린 것. 지진과 함께 화산폭발이 일어난다면 미국 전체는 물론 지구 종말을 불러오는 최악의 상황이 되어버리는데...

로스엔젤레스 사상 최악의 대지진 발생. 심지어 전례 없는 코로나 분출현상까지 발생하면서 과학자 메레디스는 더 큰 재앙을 예상하지만 아무도 그녀를 믿지 않는다. 결국 도시는 태양 폭풍현상에 휩쓸리고 모두가 혼란에 빠진다. 시시각각 닥쳐오는 대자연의 위협 속에서 도망칠 곳은 아무 데도 없다.

지구의 자전이 서서히 멈추면서 아무 이유도 없이 선택받은 자들은 마야 문명의 고대 유적지에 모이게 된다. 그리고 지구가 멸망하기 직전에 새로운 아기가 태어나면서 지구가 다시 살아난다.