Još odmalena Eleanor je bila zainteresirana za komunikaciju s bićima iz svemira. Glavni čovjek koji ju je na to poticao bio je njen otac. Nakon njegove smrti Eleanor nastavlja svoj studij te diplomira vođena mentorstvom doktora Davida Drumlina, te joj se pruža prilika da radi kao stručnjak, proučavajući komunikaciju sa svemirom u Puerto Ricu. Tamo se upoznaje s Kentom, slijepim istraživačem, koji joj pomažem pri slušanju raznih signala te Palmerom, studentom kršćanske teologije, koji piše knjigu o efektima znanosti na Treći svijet. Eleanor i Palmer započnu romantičnu vezu, koja se prekine, kada doktor Drumlin odluči ugasiti projekt. Eleanor je tada prisiljena sama smoći sredstva da bi i dalje mogla proučavati zvukove, koje čuje.
Tijekom Drugog svjetskog rata pobjegli ratni zarobljenik dospije do Tibeta, gdje upozna dalaj lamu, čije mu prijateljstvo potpuno promijeni pogled na život.
Pratimo životno putovanje stolara, Isusa iz Nazareta (Willem Dafoe). Prije nego što je bio razapet na križu, Isus je s velikim osjećajem krivnje i sažaljenjem nad ljudskim rodom i sam izrađivao križeve za Rimljane sve dok ga njegov prijatelj Juda (Harvey Keitel) nije izdao. U početku nesiguran, tražeći objašnjenje za Božje pozive i javljanja, Isus prihvaća svoju sudbinu.
Film Drvo života je prije svega himna životu, koja otkriva odgovore na pitanja koja proganjaju čovjeka, kroz kaleidoskop intimnog i kozmičkog, od sirovih emocija teksaške obitelji do divljih i beskonačnih rubova prostora i vremena, od dječaka koji gubi nevinost do čovjeka koji spoznaje strahopoštovanje, čuđenje i transcendenciju.