Ένα μοιραίο καλοκαίρι, μια παρέα από παιδιά δημοτικού χαμένα σε εγκαταλελειμμένο κτίριο πρέπει να ψάξουν βαθιά μέσα τους για να καταφέρουν να γυρίσουν σπίτι.
Κάπου στο Τόκιο, υπάρχει ένα δωμάτιο. Σε εκείνο το δωμάτιο υπάρχει μια μαύρη σφαίρα. Περιοδικά, οι άνθρωποι που διαφορετικά θα πέθαιναν μεταφέρονται στο δωμάτιο. Εκεί, η σφαίρα τους δίνει ειδικά κοστούμια και όπλα και τα στέλνει σε μια αποστολή να σκοτώσουν τους εξωγήινους εδώ στη Γη. Ενώ αυτές οι αποστολές λαμβάνουν χώρα, ο υπόλοιπος κόσμος τους αγνοεί σε μεγάλο βαθμό. Οι αποστολές αυτές είναι θανατηφόρες - λίγοι συμμετέχοντες τους επιβιώνουν. Η σφαίρα καλεί τα πλάνα, και δεν είναι το παραμικρό κομμάτι. Το όνομά της ... Γκάντς.
Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.
Η ιστορία της ταινίας τοποθετείται το 1965, λίγους μήνες πριν τον πόλεμο του Βιετνάμ, στην αμερικάνικη στρατιωτική βάση Yokota της Ιαπωνίας. Η κύρια πρωταγωνίστρια της ταινίας, ακούει στο όνομα Saya, και κύριος ρόλος της είναι να εξοντώνει δαίμονες βαμπίρ (τα οποία αναφέρονται ως Chiroptera), με την χρήση ενός κατάνα. Η Saya δουλεύει για την κυβέρνηση των ΗΠΑ.