Kauhu ja tuho, joka levisi elokuvassa 28 päivää myöhemmin jatkuu. Kuusi kuukautta sen jälkeen kun virus harvensi Lontoon asukasluvun olemattomiin. Järjestys on palautettu ja epidemia kukistettu. Yhdysvaltain armeija auttaa kotiuttamaan pakolaiset kotimaahansa ja asuttamaan saarivaltion uudelleen. Yksi siirtolaisista kantaa hirvittävää salaisuutta, joka uhkaa laukaista kuolemaa kylvävän, verenjanoisen epidemian uudelleen.
Umbrella Corporation on yksi maailman suurimmista biotekniikan ja lääkealan yrityksistä. Mutta syvällä maan alla, huippusalaisessa Pesäksi kutsutussa laboratoriossa tehdään kaikkien tuottavinta työtä, geenitutkimusta ja biologisia aseita. Mutta jotakin menee pahasti pieleen - tarttuva ja tappava virus pääsee laboratorion ulkopuolelle. Sen leviämistä yritetään estää lähetämällä kommandojoukot alas laboratorioon eristämään virus. Heillä on vain kolme tuntia aikaa. Perillä he huomaavat, että virus on jo ehtinyt muuttaa kaikki Pesään jääneet epäkuolleiksi. Suurin ongelma ei olekaan enää vain tikittävä kello, vaan vastassa olevat verenhimoiset zombiet ja Pesää vartioiva tekoäly - ja ne tekevät kaikkensa tappaakseen...
Lähiön yksinäisin mies avaa ovensa tuntemattomalle ja tempautuu rakkauden karusellin pyörteisiin.
Paettuaan täpärästi maanalaisesta Pesästä Alice joutuu heti takaisin maan päällä raivoavan sodan syövereihin. Koska kaupunki on karanteenissa, Alice liittyy pieneen eliittisotilasjoukkoon, jota johtavat Valentine ja Carlos. Joukko on värvätty pelastamaan T-viruksen kehittäjän, tohtori Ashfordin kadonnut tytär. Tästä kehkeytyy epätoivoinen taistelu aikaa vastaan, kun joukko käy verenhimoisten zombien, viekkaiden lickereiden ja mutanttikoirien laumoja päin. Lisäksi he saavat vastaansa tähän saakka pahimman vihollisensa.