전란이 난무하는 헤이안 시대, 폭우가 쏟아지는 라생문의 처마 밑에서 나뭇꾼과 스님이 심각한 표정으로 생각에 잠겨 있다. 잠시 비를 피하러 그곳에 들른 한 남자. 이들은 이 남자를 상대로 최근에 그 마을에 있었던 기묘한 사건을 들려준다. 사건의 배경은 녹음이 우거진 숲 속. 사무라이 타케히로가 자신의 아내 마사코와 함께 숲 속을 지나고 있었다. 산적 타조마루는 그들 앞에 나타나 속임수로 타케히로를 포박하고 마사코를 겁탈한다. 오후에 그 숲에 들어선 나뭇꾼은 타케히로의 가슴에 칼이 꽂혀있는 것을 발견하고 관청에 신고한다. 타조마루는 체포되고, 행방이 묘연했던 마사코도 불려와 관청에서 심문이 벌어지는데...

나가사키에 있는 독일의료원에서 의학공부를 마치고 에도로 돌아온 야스모토는 시골 병원에서 인턴 과정을 밟게 된다. 귀족들을 상대하는 왕립의료원에서 일하기를 원했던 그는 하층민들이 주로 오는 공동 진료소로 오게 되자 불만을 품게 된다. 하지만 자만심으로 가득 차 있던 야스모토는 ‘붉은 수염’이라 불리는 시골 병원장의 진정한 모습에 점차 동화되어 가면서 진정한 의술을 배우게 된다.

늦은 밤, 몇몇 젊은이들이 외딴 집에 모여 그들의 성에서 일어나고 있는 부패를 소탕하기로 결의한다. 하지만 곧 그들은 또 한 명의 낯선 사람이 자신들의 얘기를 엿듣고 있다는 것을 알아챈다. 그는 산주로라는 이름의 떠돌이 사무라이로, 그 젊은이들이 잘못된 판단을 하고 있다며 비웃는다. 하지만 결국 그는 이 슬기롭지는 않지만 정의로운 젊은이들과 뜻을 같이하기로 하는데...

전쟁에서 이기고 성으로 돌아가던 와시즈는 산속에서 길을 잃고 헤매다가 마녀를 만난다. 마녀로부터 새 영주가 될 것이라는 예언을 들은 와시즈는 갈등에 휩싸이다 결국 영주를 죽이고 권력을 차지하는데...

하급 무사인 이구치 세이베에는 가족들을 돌보기 위해 일과가 끝나면 동료들과 어울리지도 않고 곧장 집으로 돌아간다. 친구들은 이런 그를 황혼의 세이베에라며 놀리지만 그는 아랑곳하지 않는다. 그러던 어느 날, 세이베에는 옛친구인 이이누마와 재회하고 그의 여동생인 토모에가 친정에 돌아와 있다는 사실을 전해듣는다. 그리고 우연한 기회에 토모에의 남편과 결투를 하게 된 세이베에는 그를 간단히 제압하여 이름을 알리게 된다. 남편의 학대를 받고 살아오던 토모에는 이 일을 계기로 세이베에와 가까워지는데...

‘자토이치’는 도박과 마사지로 생계를 이어가는 맹인 방랑자. 하지만 이 남루한 행색의 사내에겐 외모와는 달리 신기에 가까운 능력이 있다. 번개처럼 빠르고 한치의 오차도 없이 상대를 찌르는, 전광석화 같은 검술이 그것! 민심이 흉흉한 어느 마을에 당도한 자토이치. 그는 도박장에서 비밀스러운 게이샤 자매를 만난다. 치명적인 미모를 지닌 ‘오키누’와 그녀의 동생 ‘오세이’는 아버지의 원수를 갚기 위해 신분을 위장한 채 주점에서 일하고 있다. 한편, 마을에 군림한 채 온갖 악행을 저지르는 ‘긴조’는 숙적들을 처단하기 위해 떠돌이 무사인 하토리’를 고용하기에 이른다. 맹인 검객, 게이샤 자매, 떠돌이 무사. 이제 이들은 결코 피할 수 없는 숙명적인 대결 앞에 서게 되는데.

19세기 중반 에도 시대, 몰락한 사무라이 가문의 외동딸 ‘오키쿠’는 복수의 결투로 아버지를 잃고 아버지를 구하던 중 입은 상처로 목소리를 잃는다. 도시의 공동주택을 돌며 세입자들의 인분을 사고파는 것으로 생계를 이어가는 ‘야스케’와 ‘츄지’는 가장 낮고 더러운 곳에서 일하면서도 웃음을 잃지 않는다. 아직 ‘세계’라는 단어조차 없었던 그 시절, 땅을 비옥하게 하고 마음을 풍요롭게 하며 반짝이는 세 청춘은 천천히 자신만의 ‘세계’를 알아가기 시작한다.

가문의 전통에 따라 엄격한 훈련을 받은 ‘진나이’는 번의 일원으로 닌자의 신분을 감춘다. 서양의 흑선이 당도하고 위기를 느낀 번주는 사무라이의 단련을 위해 경연을 개최하지만, 음모와 배신이 난무하고 급기야 암살단까지 쳐들어오는데… 최후의 결전을 확인하라!