剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

　　2012年，人类被不知名病毒感染，纽约成为一座空城。Robert Neville是为军方服务的科学家，也是对病毒有免疫力的幸存者。白天，他带着狗Sam在街道上寻找食物，用广播寻找幸存者，在实验室里研究治愈病毒的方法；晚上，他只能躲在屋子里，因为那些感染病毒而没有死亡的人们，成为了“夜魔”只能夜晚出来活动，丧失理智，会攻击所有的人。某天，Sam也感染病毒死去，Robert Neville陷入了前所未有的孤独。当他准备和“夜魔”们同归于尽的时候，另外一个幸存者Anna救了他。Anna相信山上的隔离区还有幸存者，但是固执的Robert Neville却坚持守在纽约。又一个晚上，“夜魔”攻击Robert Neville的住所，此时他的研究已经获得成功，但是只有坚持到天亮，人类才能得以延存。

近未来，地球爆发一场毁灭性的战争。灾难过后，人类文明消失殆尽，整个星球满目疮痍。幸存者逆境求生，为了有限的资源回归原始，暴力血腥肆意蔓延。沉默的黑人艾利（丹泽·华盛顿 Denzel Washington 饰）是一个独来独往的旅者，他横越荒芜的美洲大陆，见识几多炎凉和凶险。这一日，艾利辗转来到一座喧嚣小镇。神秘危险的卡耐基（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰）控制着小镇的水源，也因此成为富甲一方、不可一世的大头目。正当此时，世间流传着一本关乎人类未来命运的预言书的传说，而艾利正是这本书的护送人。卡耐基派出手下四处寻找预言书，结果一无所获，命运却指引着他和艾利宿命地相会。人类的命运终将如何……

两个姐姐，80年代初的高中高年级学生，一天早晨醒来，看到血红的天空，意识到人类已经被消灭。当地球最近通过哈雷彗星的尾部时，任何一个没有被钢铁包围的人，都会被还原成一堆红色的灰烬（人类化学组成的微量元素），他们会遇到一个叛逆的美洲土著人，并在当地的一家电台接收电波，试图寻求帮助。不幸的是，它们吸引了一群科学家的注意，他们知道彗星会产生什么样的影响。他们躲在一个钢铁实验室的地下，但愚蠢地把通风口开着。现在，当彗星的幸存者们被钢铁包围的一部分腐烂成肉欲旺盛的僵尸时，科学家们正试图用没有被彗星感染的人的血液制成疫苗。因此，这三人必须奋力前行，不仅要越过成群结队的食人族死者，而且要胜过一群不顾一切不想变成那样的科学家。

　　故事发生在末日，病毒肆虐，凡是被感染的人都将被焚化，保罗一家人小心翼翼生活在森林里，突然有一天一个不速之客的造访，让他们的生活天翻地覆..

50年前的一场核子战争几乎摧毁了人类，战争已经被废止，两国之间的领土争端通过机器人单挑来解决，同盟国机器人战士亚历山大，已经接连杀死了合纵国的九位机器人战士，为了争夺阿拉斯加，下一场战斗合纵国非胜不可，合纵国的机器人战士阿基里斯在前面的战斗中同样已经连胜九场，这次将由他来迎战亚历山大。这最后一战，不仅是为国家，更是为个人的恩怨情仇……