리플리와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다. 하지만 이미 에일리언이 침입하게 되어 화재가 나자 리플리를 포함한 생존자들은 구명선에 타고 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성에 비상 착륙한다. 혹성은 웨이랜드-유타니 노동 교도소 161이라는 범죄자들의 유배지로 사용되는데, 에일리언에 의해 그곳에 살고 있는 개의 몸에서 새끼가 부화된다. 들짐승같이 행동하는 에일리언에 의해 수용인들이 하나 둘 죽어가고, 리플리는 유배되어 있는 25명의 범죄자들과 같이 이 괴물을 잡기로 하는데...

페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.

신이나 악마의 존재를 믿지 않았던 주인공 마이클 킹은 아내의 갑작스러운 죽음을 계기로 초자연적인 존재에 대한 영화를 만들기로 하고 자기 자신을 그 실험의 중심에 놓는다.

악한 무리들로부터 자신의 별을 지키기 위해 지구인들에게 도움을 청하는 외계인의 이야기를 그린 영화.