上一部结尾，尼奥终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂，舰长墨菲斯回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双发谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

未来的地下世界，其实就是一个基地，在这里，到处是冰冷的监视器。生活在这里的人们，全被剃光了头，没有名字，只有一个工作编号，每天从事繁重的劳动——集体劳动。主人公——代号THX1138（罗伯特•杜瓦尔 Robert Duvall 饰），就是这里数以百万计的普通一员，他在女性室友的启发下，停止服用了每天发给的药物。于是，他僵化的思想开始复苏，开始对他的女性室友产生了一种特殊感觉。当两人发生关系并被判处强奸罪时，思想彻底醒悟的他开始了漫长的逃亡之路。