يلاحظ أحد جنود مشاة البحرية الأمريكية الواقعي التأثيرات اللاإنسانية للحرب الأمريكية الفيتنامية على زملائه المجندين من تدريب معسكراتهم الوحشي إلى قتال الشوارع الدموي في هيو.

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.

تستيقظ (أليس) من غيبوبة لتجد أن أسوأ مخاوفها قد تحقق؛ حيث إن المرض الذي كافحت مع فرقة الجنود في محاولة السيطرة عليه، قد خرج من القاعدة وتفشي في المدينة المحيطة بها، ليحول سكانها من الموتى الأحياء والمتوحشين. كما تكتشف أنها من الأساس نتاج تجربة علمية ومحسنة وراثيا، مما يعطيها قدرات وقوة خاصة، فتحاول، بمساعدة قوة من البشر المتبقين، التصدي لهولاء الوحوش.

في حاجة إلى أموال للبحث ، يقبل الدكتور آلان جرانت مبلغًا كبيرًا من المال لمرافقة بول وأماندا كيربي في جولة جوية في جزيرة (إيسلا سورنا ) سيئة السمعة. لم يمض وقت طويل قبل أن ينفجر كل الجحيم ويجب على عابري الطريق الذين تقطعت بهم السبل أن يقاتلوا من أجل البقاء كمجموعة من الديناصورات الجديدة - بل والأكثر فتكًا - تحاول صنع وجبات خفيفة منهم.

يموت رئيس شرطة مدينة ديترويت أمام أعين الشرطي (أكسل فولي)، تقوده التحقيقات إلى بيفرلي هيلز، وعندما يذهب أكسل إلى مدينة ألعاب كبيرة للبحث عن القاتل، ينجح في إنقاذ طفلين تعطلت لعبتهما، ويأخذه رجال أمن المدينة لمقابلة رئيسهم. يلتقي أكسل مع رئيس أمن مدينة الألعاب، ويكتشف أنه القاتل الذي يبحث عنه.

في عالم القراصنة، تحاول القرصانة (مورجان)، ورفيقها القرصان (ويليام شو) استعادة الأجزاء الثلاثة لخريطة كنز غير مسبوق، لكن لسوء الحظ يكون الجزء الأخير في يد عمها القاتل (داوج)، ومع تذمر طاقم سفينتها من قيادة امرأة لهم، وسعيهم إلى الاتحاد ضدها، إذا لم تسرع في العثور على الكنز، بالإضافة إلى محاولة البحرية البريطانية إنهاء غارات القراصنة، يضعها في تحديات كبيرة.