Filmas "Labirinta skrējējs" turpinājuma sākumā Tomass (Dilans O'Braiens) un pārējie izdzīvojušie meklē norādes par kādu noslēpumainu, ietekmīgu organizāciju. Drīz vien viņi nonāk svelmainā tuksnesī, kas ir pārpilns ar neiedomājamiem šķēršļiem, kā arī tur viņus gaida šokējošs pārsteigums. Vai viņiem izdosies vēlreiz izdzīvot šausminošos pārbaudījumos?
Slavenais psihologs Alans Paskāls cenšas atklāt noslēpumus, ko glabā deviņgadīgā Luija Draksa apziņa, kad viņš nonāca komā pēc noslēpumaina nelaimes gadījuma. Puisēna mātē iemīlējies ārsts par notikušo tur aizdomās tēvu. Taču, jo dziļāk viņš iegrimst bērna zemapziņā, jo vairāk saplūst robeža starp mistiku un realitāti...
Rupjš policists tiek norīkots notvert sērijslepkavu, kura mērķis ir policisti.