Μία σκοτεινή μαγική δύναμη απειλεί την Ponyville. Τα μικρά Πόνυ ξεκινούν ένα αξέχαστο ταξίδι πέρα από την Equestria όπου γνωρίζουν νέους φίλους και συναρπαστικές περιπέτειες στην προσπάθεια τους να σώσουν την πόλη τους με τη δύναμη της φιλίας.

Μια μυστική ομάδα πρακτόρων αναλαμβάνει να εμποδίσει έναν άλλο πράκτορα από το να ανακαλύψει και να πουλήσει μια άκρως μυστική λίστα κατασκόπων της ΣΙΑ. Ωστόσο, η αποστολή αποτυγχάνει καθώς κάποιος φαίνεται να τους έχει στήσει παγίδα και όλοι πεθαίνουν εκτός από τον Ίθαν Χάντ και μια κοπέλα. Ενώνοντας τις δυνάμεις τους και προσλαμβάνοντας και άλλους δύο «συναδέλφους» τους, προσπαθούν τώρα να πάρουν και να πουλήσουν τη λίστα και συγχρόνως να ανακαλύψουν ποιος τους πρόδωσε. Η περιπέτεια ξεκινάει και όλοι μπλέκονται σε ένα ατελείωτο παιχνίδι ζωής και θανάτου, φθοράς κι αφθαρσίας, φιλίας και προδοσίας.

Όταν ο Βυθός του Μπικίνι βγαίνει ξαφνικά από τον ωκεανό, η σκιουρίνα επιστήμονας Σάντι κι ο φίλος της, Μπομπ Σφουγγαράκης, πάνε στο Τέξας για να σώσουν την πόλη τους.