잠자던 미나미노 카나데(주아윤)에게 갑작스럽게 메이저랜드의 국왕 '메피스토'가 찾아온다. 시라베 아코(안소희)의 아버지인 메피스토는 메이저랜드의 공주인 아코가 곧 인간계를 떠날 것이라고 이야기한다. 이를 들은 프리큐어 일행은 아코와의 이별을 준비하고 서로 훈훈하게 인사하며 헤어지려는 순간, 갑자기 노이즈가 들이닥친다. 노이즈로 인해 마을에 흐르던 아름다운 선율이 사라지고 정적만이 남는데.....................

노래와 춤의 나라 하르모니아에서 프리큐어 올스타즈의 봄의 카니발이 개막! 선배 프리큐어의 노래와 댄스를 보고 감격한 하루노 하루카들도, 자~ 무대로! 요정들이 실종돼서 공연장은 대패닉! 사회자 오드랭 & 웨탄이 엄청 수상한데. 게다가 카니발을 엉망으로 만들어서 하르모니아의 수호신 드래곤이 날뛰기 시작했어! 하르모니아의 평화와 소중한 카니발을 되찾기 위해, 희망의 노래를 담은 춤으로 프리큐어 40명이 기적을 일으킨다!!

바람 축제에 온 지우와 피카츄. 이브이를 찾는 리사와 새로 만난 친구들과 함께 하던 중, 갑자기 모든 바람이 사라지고 정체를 알 수 없는 검은 연기가 마을을 뒤덮는다. 사람과 포켓몬 모두가 위험해질 위기가 찾아오자, 바람을 되찾기 위해 지우와 피카츄, 리사와 이브이, 라르고, 카가치, 히스이, 토리토의 모두가 함께하는 기적 같은 이야기가 시작된다.

위장 수사로 인정받은 젠코와 슈미트 콤비가 대학교에서 유행하는 신종 합성 마약 '와이파이' 공급자를 색출하는 임무를 맡는다. 이에 MC 주립대 학생으로 위장한 두 사람은 사건의 단서를 남기고 죽은 신시아의 주변을 탐문한다. 곧 풋볼팀의 주크를 의심하게 된 젠코는 풋볼 선수로 뛰면서 그의 동태를 살핀다. 그런데 젠코는 본분을 망각한 채 주크와 둘도 없는 콤비가 되고, 젠코에게 소외감을 느낀 슈미트는 예술전공 학생 마야와 가까워진다. 그러던 어느 날, 신시아를 딜러로 의심하고 그녀의 방을 수색하던 두 사람은, 마약 공급자가 도서관의 책을 이용하여 마약을 거래했음을 알게 된다. 이에 도서관으로 간 슈미트는 '유령'으로 불리는 남자의 마약 거래 현장을 목격한다. 하지만 슈미트와 젠코는 유령을 놓치고, 경찰은 다른 사람에게 혐의를 씌우고는 사건을 종료하는데…