Κατά τη διάρκεια του πολέμου στο Βιετνάμ, ο λοχαγός Γουίλαρντ αναλαμβάνει να βρει και να δολοφονήσει το συνταγματάρχη Κερτζ, ένα στρατιωτικό καριέρας ο οποίος αποσχίστηκε με την ομάδα του από το στράτευμα, εγκαταστάθηκε κάπου στα σύνορα με την Καμπότζη και τώρα φημολογείται ότι λατρεύεται από τους ντόπιους σαν θεός.
Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Η πορεία μιας ομάδας πεζοναυτών προς την πλήρη ηθική και ψυχική πώρωση, από τη σκληρή εκπαίδευση που υφίστανται στο Κέντρο μέχρι την αποστολή θανάτου την οποία αναλαμβάνουν στον πόλεμο του Βιετνάμ.
Έπειτα από μακελειό στην εκκλησία, τη μέρα του γάμου της, μια γυναίκα πέφτει σε κώμα. Ξυπνά έπειτα από πολλά χρόνια και αρχίζει να αναζητά τον Μπιλ, εκείνον που διέταξε τη σφαγή. Στο δρόμο της στέκονται εμπόδιο μπράβοι και πληρωμένοι δολοφόνοι.
Ένας παλαίμαχος προπονητής του μποξ, με πάθος για την κέλτικη λογοτεχνία, αλλά και εσωτερική οδύνη για την απώλεια επαφής με την κόρη του, δέχεται ύστερα από πολλούς δισταγμούς να αναλάβει την προπόνηση μιας 30χρονης σερβιτόρας, η οποία, αν και μεγάλη σε ηλικία, φαίνεται να έχει ταλέντο στη γυναικεία πυγμαχία.
Το 19ο αιώνα ένας Αμερικανός λοχαγός που πήρε μέρος στις σφαγές των Ινδιάνων ταξιδεύει στην Ιαπωνία, προκειμένου να εκπαιδεύσει τον τακτικό στρατό στα σύγχρονα όπλα. Αιχμαλωτίζεται από τους σαμουράι, μυείται στις συνήθειές τους και στέκει στο πλευρό τους, όταν συγκρούονται με τους άντρες του αυτοκράτορα.
Η ταινία αφηγείται τις δώδεκα τελευταίες ώρες της ζωής του Θεανθρώπου στη Γη ξεκινώντας με τον Ιησού να προσεύχεται στον Κήπο της Γεσθημανής, όπου πήγε μαζί με τους μαθητές Του μετά τον Μυστικό Δείπνο. Ακολουθεί η ανάκρισή Του, τα βασανιστήρια, η πορεία στο Γολγοθά, και τέλος η Σταύρωση Του.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Η επιχείρηση ενάντια σε έναν έμπορο ναρκωτικών στη Ταϋλάνδη, αλλάζει για πάντα τη μοίρα μιας ομάδας της αστυνομίας του τμήματος ναρκωτικών του Χονγκ Κονγκ. Ένας εργασιομανής αρχηγός χάνει τους άντρες του και τη λαμπρή του καριέρα, ένας πιστός αξιωματικός εγκαταλείπεται και αγνοείται, ένας μυστικός αστυνομικός ο οποίος διασώθηκε, διαλέγει να μείνει μακριά από το παρελθόν. Αρκετά χρόνια αργότερα, ένα έγκλημα που σχετίζεται με ναρκωτικά, τους φέρνει και πάλι μαζί για ένα τελικό ξεκαθάρισμα.
Ο ντετέκτιβ Άξελ Φόλεϊ ερευνά μια απλή υπόθεση κλεμμένου αμαξιού, όταν πέφτει πάνω σε κάτι πολύ μεγαλύτερο. Με βιτρίνα ένα θεματικό πάρκο στο Λος Άντζελες, αυτοί που δολοφόνησαν το αφεντικό του έχουν στήσει επιχείρηση πλαστού χρήματος.